這一時期，巨不肥遭遇的“滑鐵盧”，比起巨人大廈的危機，顯得微不足道。
在巨人大廈建設期間，珠海遭遇了幾十年不遇的暴雨襲擊。在海邊的小山上，爆發的山洪將巨人大廈地下部分連同設備一起淹沒。僅抽水一項，就花了幾百萬元。這無疑讓回籠有困難的資金鏈雪上加霜。
起初，巨人每月回款的額度足以支撐巨人大廈地下部分的興建，但建到地麵以上就不夠了。
巨人大廈資金短缺的情況始於1996年。史玉柱不得不把賣保健品賺來的錢全部投入到巨人大廈的建設中去，這自然影響了保健品的銷售，因為過度抽血，以及管理問題的層出不窮，再加上國內保健品市場的日趨停滯，保健品業務從鼎盛時期迅速下滑並衰落到穀底。巨人集團潛藏著巨大的危機。
1997年初，巨人大廈終於停工了，由於資金鏈斷裂，這座大廈隻建到地麵三層。
1996年10月時，巨人大廈承諾的完工日期一到，國內購買樓花的客戶紛紛來查看，使得位於珠海市香港工業區第九廠房的巨人集團總部人頭攢動，車水馬龍。債權人們是來按照合同收房子的，但他們卻看到大廈根本沒蓋起來，隻剛剛在地麵上露出醜陋的一截，他們頓時慌了。
種種現實，都在向他們傳達一個信號：巨人可能沒有實力繼續建設這座大廈。
其實，當時隻要有1000萬元資金，巨人大廈就可以繼續修建，房東們看見工地上的建設場麵，情緒就會穩定下來。可這筆資金對史玉柱而言都實在“太大”。雖然巨人大廈有數億元的樓花預售款，但巨人公司已經開不出工資來了，他個人賬戶上的錢也隻不過區區十幾萬元。他和他的團隊犯的一個錯誤是：樓花集資款隻是公司的負債，不是公司的資產，但他們誤以為這項負債也是他們自己的錢。