為了保全自己，曾國藩隻能出此下策。
“大逆不道”、捅塌了大清半壁江山的洪秀全無疑是同治帝的頭號敵人，同樣也是曾國藩的頭號敵人，更是死傷無數、血流成河的湘軍的頭號敵人。所以，湘軍打進金陵城後的第一件事，就是要找洪秀全算總賬，結果卻令曾國藩和湘軍將士大失所望。因為洪秀全已經死了。
據俘虜交代，早在湘軍猛攻金陵城時，洪秀全就已經服毒自盡了，屍體埋在了天王府內。時間是清同治三年（1864年）四月二十七日。
活要見人死要見屍。
“將士積憤之餘，皆欲得而甘心”。湘軍不甘心就這樣便宜了洪秀全，他們在天王府裏挖地三尺，一定要把洪秀全的屍體找出來。折騰了十天，直到六月二十六日，湘軍終於挖出了洪秀全的屍體。六月二十八日，曾國藩等驗看了已經死了兩個多月的洪秀全的屍體。此時，展現在眾人麵前的洪秀全“頭禿無發，須尚存，已間白矣。左股右膀，肉尤未脫”，早沒了天王的威儀，隻有周身包裹著的繡龍黃緞尚能顯示出一些與眾不同。
曾國藩下令“驗異戮屍，舉烈火而焚之”[62]。
處理完洪秀全的事後，剩下的就是對付於六月十九日因傷被俘的李秀成了。
李秀成是太平天國後期最重要的軍事將領之一，被洪秀全封為忠王，是湘軍最大的死對頭。就是因為這個李秀成的拚死抵抗，險使曾國荃功虧一簣，所以曾國荃對李秀成早就惱羞成怒，恨之入骨。與李秀成前後腳被俘的還有洪秀全的二哥、勇王洪仁達。如何處置這兩個人，不是曾國藩所能擅自做主的，必須由朝廷來決定。曾國藩明白這個道理，自然也就不會漏這個空兒。在六月二十三日的奏折中，曾國藩請示朝廷，是將李秀成、洪仁達“檻送京師”還是“在金陵正法”，“谘請定奪”。最後還強調了一下“應否獻俘”，等他親自到金陵以後，視情況再“察酌具奏”。朝廷很快就做出了很具體的回複，讓他把李秀成和洪仁達“著即檻送京師，訊明處決”。朝廷的這個決定基本符合湘軍大多數人的想法。曾國藩自己也說“日來在事文武，皆請將李秀成檻送京師”，就連前來祝賀的洋人“亦以忠逆解京為快”。但是，曾國藩竟於七月初四、初六兩日，分別將洪仁達、李秀成“淩遲處死”。曾國藩何以不等諭旨而擅殺“賊酋”呢？須知，這可是忤逆朝廷的大逆不道啊！