魯迅與章士釗兩人首先是在文化思想上的分歧很大。在當時，魯迅積極倡導和竭力推行新文化運動，主張文學革命，倡導白話文；章士釗卻提倡尊孔讀經，以“捍衛國粹”之名極力反對新文化運動。
而章士釗免去魯迅在教育部的公職，直接原因就是女師大風潮。1922年，魯迅的好友許壽裳在卸任浙江兩級師範學堂教務長後，被任命為北京女子高等師範學校(1923年改稱北京女子師範大學)的校長。許壽裳聘請了一批北大教師來做兼職教師，其中包括在北大國文係兼任講師的魯迅。這時，北洋政府為控製女師大，煽動部分師生攻擊許壽裳，逼迫他於1924年年初辭職。
1924年5月，北洋政府教育部任命楊蔭榆為北京女子師範大學校長。楊蔭榆到任後，一些行為引起了教職工的不滿。早年離異的楊蔭榆脾氣有些古怪，她擔任校長後，像婆婆一樣管理女學生，強調秩序、學風，強調學校猶如家庭，需要一個穩定的局麵。她要求學生隻管讀書，不要參加過問政治活動，把學生的愛國行為一律斥為“學風不正”，橫加阻撓。
1924年11月，女師大國文係預科二年級有三個學生因為江浙戰爭，道路被阻隔，兩個月內未能按時返校，被楊蔭榆勒令退學。但她對和自己關係較好的學生卻放過不問。女師大“學生自治會”要求楊蔭榆收回成命，遭到拒絕。楊蔭榆的頑固態度激怒了學生，1925年1月18日，女師大“學生自治會”召開緊急會議，決定從即日起不承認楊蔭榆為女師大校長，發動“驅楊”運動。時任教育部僉事兼女師大講師的魯迅堅決支持學生的舉動。女師大學潮愈演愈烈，許多教授、學者都卷入進去，一時間鬧得京城沸沸揚揚。
當時的教育總長王九齡沒有到職，由次長馬敘倫代理部務，他曾經表示可以撤換楊蔭榆。但是在章士釗上任後，情況就大變了。1925年4月14日，北洋政府任命已於1924年11月擔任司法總長的章士釗兼任教育總長。章士釗上任後恢複《甲寅》周刊，一方麵提倡尊孔讀經，攻擊新文化運動；一方麵揚言“整頓學風”，支持楊蔭榆鎮壓學生運動，並在國務會議上以女師大學生“不受檢製，競體忘形，嘯聚男生，蔑視長上……學紀大紊，禮教全荒”為由，提請通過停辦女師大令，並在國務會議上得以通過。8月10日，教育部正式下令停辦女師大，另成立國立女子大學。