魯迅起訴章士釗的勝訴，實在出乎人們的意料。
魯迅的學生孫伏園曾撰文回憶魯迅與章士釗打官司的情形：魯迅被免職後，“當時教育部的許多同事都替魯迅抱不平，主張魯迅先生去平政院告章士釗。平政院院長汪大燮是一個弄舊學問的人，同魯迅先生在學問上甚為交好。有一天，平政院的邵先生跑到魯迅家去，談起這事，慫恿魯迅先生對章士釗起訴，並且說汪院長也要親自拜訪一次魯迅先生。汪的意思，以為章士釗是西洋留學生，一定是無父無君的；而魯迅是一位研究中國學問的人，一定沒有錯處。魯迅的被免職，一定是章士釗冤枉了他。然而，魯迅先生的家裏，卻實在有很多的東西洋書籍，如果被汪大燮看到了，將不免影響到他對於魯迅的印象。那時候我正去魯迅先生家裏，看見大批東西文書籍向外搬運。”
8月15日，魯迅起草了一份起訴書，狀告教育部總長章士釗。魯迅在起訴書中說：“樹人充教育部僉事，已十有四載，恪恭將事，故任職以來屢獲獎敘。詎教育總長章士釗竟無故將樹人呈請免職，查文官免職，係懲戒處分之一。依《文官懲戒條例》第十八條之規定，須先交付懲戒，始能依法執行。乃濫用職權，擅自處分，無故將樹人免職，顯違《文官懲戒條例》第一條及《文官保障法草案》第二條之規定。此種違法處分，實難自甘緘默。”
魯迅在此抓住“程序違法”做文章，按照當年的懲戒程序，須先備懲戒文書交付“高等文官懲戒委員會”進行審查，章士釗雖然在呈函中說“補辦”，但畢竟沒有先行這一步驟。魯迅緊緊抓住章士釗違反程序和認定超前的錯誤，為推翻章士釗呈請的“免職理由”提供了有力的依據。
那麽，魯迅所遞交起訴書的平政院是怎麽回事呢？平政院是袁世凱統治時期開始設立的行政裁判機關，負責彈劾和審理違法官吏，相當於前清的禦史台。有意思的是，章士釗一直反對設立平政院。章士釗在英國留學五年，深受英國自由主義思想的影響，接受的是英國學者的觀點，實行司法平等也是章士釗一貫的主張。他作為一個關心個人自由權利的人，看到了行政裁判製度侵犯人民權利的可能性。他認為，其與法律麵前人人平等的原則不相符合，不利於司法平等。正是從保護個人權利和法律麵前人人平等的原則出發，章士釗自1912年《臨時約法》頒布之時起就反對設立平政院，而主張官民一律受製於普通法院，並在隨後與讚成設立平政院者進行了十多年的論爭。也正是這個章士釗所反對設立的平政院讓章士釗輸了和魯迅的官司。