按照慣例，慈安臨終前留下一份遺詔，其中對當時的政事隻字未提，即使在彌留之際，她也一如既往把國家大事留給做事果斷的西宮。慈安太後遺詔裏有一處好像能夠說明西太後沒有幹涉這道上諭，上麵說自己向來崇尚節儉，看淡虛榮，辦理後事不允許鋪張，應該符合節儉的水準，等等，這種意思和西太後喜歡奢華的行徑是相反的。謹小慎微的慈安太後生前和西太後不和睦，可勢力不大。如今去世以後，西太後可以獨攬大權，掌控國家。不過，西太後還有一個小小的障礙，此人就是當時任職於軍機處的恭親王。慈安太後過世之後，恭親王無法安下心來。當初，安德海被處死，西太後非常怨恨恭親王，不過，恭親王當時權勢很大。西太後妄圖削弱恭親王的名號，可當時難以尋找能替代恭親王在軍機處的位置的人選。恭親王處理國事經驗很豐富，外交方麵也很強，不得不重用恭親王。西太後沒辦法，隻能一直容忍著。1884年，西太後感覺自己能夠專權了，可以不用恭親王的協助，時值中法戰爭，就開始尋找機會罷免恭親王以及軍機處擁護恭親王的官員。通過發布上諭，將馬江作戰失敗的事件推到了恭親王頭上，但太後真正的意思，是覺得恭親王心裏有反抗的意願。當時有幾位禦史上奏，批評太後奢侈的罪過，以及其他的過失，西太後猜疑是恭親王指使人做的，就遷怒到恭親王身上。
恭親王無奈隻得退出政壇，在家裏賦閑。十年後，1894年，光緒二十年，中國對日作戰失敗。聰慧的西太後想起用恭親王，期望他能輔佐自己，但無法像同治初年那樣信任他了。光緒二十四年（1898），恭親王在任上過世。恭親王對國家做出了巨大貢獻，尤其得到了外國人的信任。西太後盡管內心討厭恭親王，但在外表上依然對他非常尊敬。