西太後在反對維新變法行動方麵雷厲風行，結果也招致了南方各省一些人的憤恨。接下來，保皇會宣布建立，目的要輔助皇帝。上海租界裏的報紙每天發表文章，對西太後進行詆毀攻擊，肆無忌憚，榮祿也成為民眾攻擊的目標。如此的言論，很明顯是逃跑的維新人士蠱惑所致。內容還涉及朝廷的行為意在排斥漢族的大臣，言說在不長的時間內，國內重要的職務都要被滿族人占據，以此煽動漢族人的情緒。此時，全國各個省份都有排外情緒，倡導這樣論調的人，看到西太後反對推行新政，對西方人充滿仇恨，就開始用這樣的論調取悅於國民和西太後。但凡具備這樣主張的人，都居心叵測。
滿族人禦史會章上了一個奏折，在開頭首先對朝廷嚴厲懲治維新派的業績大加稱頌，這樣足足讓西太後永刻榮譽史冊，接下來的奏折上又說南方各省的情況，近來有傳言說朝廷處斬的新黨都是漢人，稱皇上太後意欲犧牲漢民之利，提高滿人之地位。我朝一向對滿漢一視同仁，這一點大家都知道，然而康有為餘黨卻以此為據，危及朝廷。末尾還說：“根據微臣的意見，應該選擇忠心正直的漢族人給予特別的犒賞”，那麽，人心就會平靜下來，輿論就會改變論調。假如一個人犯了罪，並且已經得到了應有懲罰，可此人依然對國家忠心耿耿，這就需要對此人加以獎賞。之前幾個月，有人上奏折對維新黨人進行詆毀，反對新政的推行，那就應該得到升遷。在這份奏本的末尾還說，隻要漢族大臣對朝廷忠誠並且愛戴超越滿族大臣的人，非常難得。奏折所言其中很多對於國家非常有益，西太後肯定也極為認同。
於是，西太後馬上下達諭旨告誡天下的官員，要用名教和綱常作為自己的責任，共同來維護對朝廷的忠誠，做政府工作要勤奮，還要倡導節儉，禁止奢侈。之前皇帝所罷免的官員，如許應騤，西太後都要恢複這些人的職務；皇帝啟用的官員，則要全部罷免幹淨。這樣的諭旨下達之後，沒有一人敢上疏替這些人說話，隻有甘肅藩司增厚出麵保舉翁同龢。西太後聽說後馬上大動肝火，立刻罷免了他的官職，自此再也沒有人敢因此而上疏了。平定了北京城內的許多事情之後，西太後開始將眼光放到各省的事務上。當時，兩江總督劉坤一以生病為由，請求辭職。西太後非常嚴厲地批評了他，說朝廷給了他優厚的待遇，絕對不能以小事推卸國家的要務職責，應該忠於職守，謹慎替朝廷選拔下屬的官員，以此報答朝廷的恩惠。至於翁同龢，西太後對其尤其憤恨，盡管已經準許他辭職回家，但依然認為他有很大的罪責。另外，翁同龢一直以來和榮祿是仇敵，榮祿根本不會替他說好話，所以西太後就以皇帝的名義下諭旨痛斥翁同龢。