10月2日早晨，先帝靈柩抵達北京西北城門。恭親王已經在前一天晚間加派大批人馬駐防。新皇帝和兩宮皇太後以及大臣們都身穿孝服迎接。神主儀仗隊走在靈柩的前麵，後邊是一隊八旗騎兵。靈柩進城的時候，周圍的人都跪地行禮。怡親王等一些大臣到北京之後就來到了事先準備好行禮的巨大營帳裏。兩宮皇太後和鹹豐的兄弟們，還有軍機大臣桂良、周祖培都趕到了。西太後麵色平靜，用太後的神色問候怡親王：“東宮太後和我對您和您的同僚如此盡職盡責護送靈柩深表感激。如今已經到達京城，監國的名號可以撤銷了。”怡親王厲聲回答：“先帝遺詔是讓我監國，兩宮皇太後沒有過問此事的權力。如今皇帝年幼，沒有我的允諾，不管是太後還是其他大臣都沒有監國的權力。”西太後說：“我們走著看。”隨後下令侍衛拘捕了怡親王三人。接下來，參與密謀的皇族們馬上進入宮內，在皇宮大門恭候先帝的靈柩。不管遇到什麽樣的情況，中國人都是以死者為重。儀式一如既往進行，肅順一些人的同黨發現路旁都是忠誠於西太後的衛兵，都無可奈何。西太後用鎮定贏得了勝利，隨後將大權牢牢掌握在手中。
到了東華門，兩宮皇太後對靈柩施禮，恭敬地目送靈柩在殿裏安放。西太後看到北京人心穩定，軍心忠誠，就以兩宮太後的名義下了一道聖旨，將肅順三人轉交宗人府從嚴審判。主審官恭親王撤銷了這三人的職務。
肅順在三個人中作惡最多，西太後因此最恨他。在熱河，肅順的夫人就得罪了西太後，這更加讓西太後憎惡他們。肅順的家產超過了億萬兩白銀，西太後全部沒收，這些成為西太後權力的重要保證，也為她好大喜功埋下了伏筆。
10月6日，恭親王已經審理完肅順三人案件，然後奏請西太後最終怎麽處理。西太後最終恩準載垣、端華自盡，肅順馬上處斬，景壽、穆蔭、匡源、杜翰都被削去職務，但沒有被流放。