挫敗載垣的陰謀之後，西太後的位置更加穩固了，她已經掌握了中國最高權力（這裏隻說西太後，東太後為人性情溫和，對政治沒興趣）。
西太後初次聽政的時候非常謹慎，不敢獨攬大權，而是謹小慎微，這樣方便從中得到政治經驗。當時，大臣們都盡力輔佐，都是用新皇帝的名義下達各種詔書。因此，西太後此刻的權勢還沒有她歸政光緒、退居幕後的時候顯赫。西太後首次垂簾聽政（同治元年到同治十二年，即1862—1873年），基本上是試驗階段，從表麵上難以看出西太後的獨攬大權。到了第二次垂簾聽政（光緒元年到光緒十五年，即1875—1889年），詔書中開始出現西太後的名字，所有錄用人和賞罰等一些事情，都由西太後做主，恩威並用，因此，大臣們都聽從西太後的指令。第三次聽政（光緒二十四年到光緒三十四年，即1898—1908年）時，西太後已經獨攬大權，穩固的地位加之豐富的經驗，天下沒有人能夠匹敵。她每天都要登寶殿，坐寶座，召見大臣，皇帝就像木偶一樣坐在一旁，以至於大臣隻知道坐在上麵的西太後而不知道旁邊還有皇帝。西太後掌握政權後，清楚女人攝政不合乎傳統和民心。中國曆史上著名的有呂後、武後，盡管才能過人，可到最後還是要遭到人們的嘲諷。西太後博覽群書，非常清楚太後攝政的結果，但她太喜歡掌握大權了。莫非要重走曆史的老路？叛逆的肅順三人已經被徹底挫敗，大臣和禦史們都認為載垣三人是罪有應得。可是，恭親王卻非常焦慮，但凡鹹豐皇帝晚年信任的人，他都會派人秘密盯梢。不過，恭親王如此，根本不是從報複的心理出發。
西太後肚量寬闊。剛剛開始攝政時，隻是處理了載垣等一些輔政的八位軍機大臣，其他人沒有問罪，這麽做可以避免擴大打擊麵，所以得到了所有人的讚成，得到了大度的美名。有兩個實例。有人舉報，當初奉勸鹹豐皇帝向熱河逃亡的還有禮部尚書陳孚恩。當時，鹹豐皇帝駕崩後，載垣一些人召見一名要員去熱河，此人就是陳孚恩。西太後就罷免了陳孚恩的職位，盡管鐵證如山，但並沒有治罪。還有一個實例。協助載垣謀劃的還有內務府大臣，他曾經奉勸鹹豐皇帝不要回到京城，在熱河辦事比較方便。同樣在鐵證如山的情況下，西太後在1861年春天隻是將此人罷免了職務。當時，北京的官員都想依附權勢，借助當權者大興報複之風，所以誤入歧途，可朝廷絲毫沒有大興監獄的意思。西太後下了一道手諭，隻處理首要罪犯，其他不過問。猜測西太後的心思，既然已經達到自己的目標，穩定了地位，寬容做事也無所不可。西太後心裏清楚，載垣得不到北京要員的協助不敢這樣大膽。可是，西太後盡管知曉很多人參與了這件事，假如不是很大的罪行，她還是願意將鐵剪刀藏在手套裏。西太後的恩威並用，在京城人心目中得到了慈善聖母的美名。西太後性情本來就是嚴寬都有，得到這樣的稱讚也並不都是吹捧。因此，西太後處理完載垣等一些人之後，就警告大臣們必須各盡其責，公平執法，不要效法陳孚恩等一些人的壞習慣。