馬雲的阿裏係一直雄踞電子商務老大的地位，京東則像突然殺出的一匹黑馬，和馬雲較量。兩家紛爭不斷，他們之間的“戰爭”一次比一次慘烈，誰能笑到最後，拭目以待吧。
眾所周知，支付寶是電子商務支付的工具，淘寶100%的交易都是通過支付寶進行的，這是馬雲推動淘寶成為未來電商領域王者的核心產業。據易觀國際發布的報告稱，2010年中國第三方支付市場交易額達到11324億美元，支付寶就占49%的份額。除了淘寶和阿裏巴巴，其他使用支付寶的客戶已達到46萬家。2011年5月26日，支付寶成為首批獲得央行發放的《支付業務許可證》的27家單位之一。
2011年5月18日，劉強東透露消息：“明年京東使用支付寶要比使用其它支付方式多付500萬～600萬元費用……京東90%的貨物都是貨到付款，在線支付隻占10%，並且第一大是快錢，而非支付寶，支付寶隻占總銷售額的1%～2%，（放棄使用支付寶）對京東影響很小。”
2011年底，劉強東在考慮2012是否續用支付寶之前，曾給馬雲打過電話，表示京東作為支付寶的大客戶，能否降低費率，畢竟電商賺錢不容易，千分之三的費率太高。馬雲在電話裏的意思是“想辦法促成這件事。”隨後雙方溝通的結果卻出乎劉強東的意料：支付寶決定維持3%的利率不變。給出的解釋是“不能破了行規。”
有人傳出消息，是支付寶管理層否決了馬雲的建議。劉強東卻覺得，在阿裏巴巴，沒有馬雲搞不定的事。由此得出的結論是：馬雲不仗義。如果馬雲采納了劉強東的建議，以京東交易300億元計，可節省費率是3000萬元。然而，對於京東與劉強東而言，更擔心支付寶收集京東商業機密，包括總交易量、單品類交易量、交易量的高峰與低穀。支付寶與天貓商城同是阿裏係企業，把這些數據提供給天貓商城，會成為天貓商城對付京東的依據。劉強東覺得，支付寶是個攝像頭，還是對手的攝像頭，會扮演“無間道”。