和袁世凱打交道——教育總長的第一課
1911年10月10日，武昌革命爆發。當時的蔡元培還身在德國，正在一所德國小鎮的中學裏埋頭於他的心理學實驗。這時，從遙遠的東方傳來了辛亥革命的隆隆炮聲。蔡元培敏銳地感覺到：劃時代的轉折來臨了！
蔡元培馬上提前結束了他的研究，趕到德國首都柏林了解國內革命形勢的進展。他和那裏的中國留學生們一起閱讀報章上有關中國革命的報道，相互聯絡，想辦法響應國內的革命。這時，上海光複後被推為滬軍都督的陳其美向蔡元培來電報促其回國，蔡元培即取道西伯利亞，於11月28日抵達上海。從此蔡元培就投身到了創建民國的事業。
革命黨人取得全國性的勝利似乎已是指日可待的事了，結果，內訌隨之而來。
首先是革命軍力量的最高統領問題，選黎元洪還是黃興為大元帥，大家意見不一。1912年1月14日淩晨，更發生了時年34歲的光複會創始人之一陶成章被受陳其美指使的蔣介石、王竹卿暗殺於上海廣慈醫院的嚴重事件。這更反映了國民黨的前身——同盟會和光複會之間的矛盾，而這些矛盾則不過是日後革命黨人不同派係紛爭的一個前兆。
看到這些情形，蔡元培給孫中山提出了建議，“惟才能是稱，不問其黨與省也”。他希望孫中山在幹革命的過程中唯才是用，不要問其人的出處和派別。孫中山當即回信表示同意：“關於內閣之設備及組織用人之道，弟意亦如是，惟才能是稱，不問其黨與省也，但此時不能不收羅海內名宿。來教所論甚明。”
孫中山在籌建臨時政府時，本提名章太炎入閣任教育部長，因章太炎性情率直，與同誌多有積怨，反對的人很多，於是，孫中山把人選改為大家眼中溫和寬厚的蔡元培。1912年元旦，中華民國南京臨時政府成立，孫中山被一眾革命黨人推為臨時大總統。孫中山在組建政府部門的時候，任命學界革命黨人中聲望卓著的蔡元培當教育總長。