笛卡爾有很長一段時間都生活在荷蘭。在當時，荷蘭是全歐洲言論最寬容的地方，是科學家、哲學家和異端分子的避風港。
在這個背景下，哲學家斯賓諾莎的故事就很諷刺了。
斯賓諾莎的父輩生活在葡萄牙，那時候葡萄牙還屬於西班牙統治。當時西班牙的統治者是個狂熱的天主教徒，瘋狂迫害他眼中的異教徒。偏偏斯賓諾莎一家信仰猶太教。無論在新教還是天主教眼中，都屬於異教徒。
在殘酷的統治下，斯賓諾莎的父輩受盡了苦難，一直想找個機會逃出去。終於在1588年時，西班牙的“無敵艦隊”被英國打敗，西班牙的海上實力大為削弱。斯賓諾莎的父輩得以找到一艘船，從海上逃到了荷蘭。斯賓諾莎就是在荷蘭出生的。
在荷蘭，有很多同樣來避難的猶太教徒，斯賓諾莎一家自然和教友們生活在一起，算是找到了組織。
這本來是一個美好的故事，但問題出在斯賓諾莎身上。
斯賓諾莎是哲學家，哲學家就喜歡懷疑，喜歡獨立思考。斯賓諾莎經過自己的思考，得出了和教會不一樣的神學觀點。結果他的幾個“朋友”誘騙他說出這些想法，然後跑到猶太教會去報告。
於是，在自由之都荷蘭，因為躲避迫害而聚集起來的猶太教會，卻把斯賓諾莎給迫害了。
客觀地說，猶太教也有自己的壓力。雖然荷蘭的宗教政策甚為寬容，但畢竟整個歐洲都處於基督教嚴格統治的氣氛之中。在荷蘭的猶太教會希望能在不違反自身教義的前提下，盡量不得罪基督教。而像斯賓諾莎這種敢於懷疑世間一切的哲學家，猶太教會很擔心包容他會觸怒荷蘭的基督教會。
有一個例子可以說明當時荷蘭猶太教會的處境。
在斯賓諾莎15歲的時候，有一個猶太年輕人寫了一篇評論信仰的文章。那文章並沒有嚴重違反猶太教教義，但是觸犯了基督教教義，猶太教會因為擔心惹怒基督教，強迫這名青年悔改。具體的悔改儀式是：要這個年輕人躺在教堂門口，讓教徒們一個個跨過他的身體。