朱棣即位後，馬上頒布了一個奸臣榜，建文朝廷的六部九卿大臣全部榜上有名。而“首惡”之人，當然就是削藩的始作俑者黃子澄和齊泰。
二人名義上被建文帝逐出朝廷，實際上是奉密詔出外募兵。黃子澄在太倉被擒，被押回京師後，由朱棣親自審問。黃子澄口口聲聲稱“殿下”而非“陛下”，然後高聲說：“臣知殿下以兵力取富貴，不知殿下即此位！……況富貴瞬息，何足輕重！殿下向來悖謬，不可為訓，恐子孫有效尤而起，無足怪者！”
朱棣暴怒之下，把黃子澄的一家老小六十五人、宗族姻親三百八十人，全部押到他了的麵前。一時間，朝堂上哀號震天。黃子澄麵對家人，淚如雨下，心如刀絞。朱棣命他寫下自己的罪狀，黃子澄寫道：“本為先帝文臣，不職諫削藩權不早，以成此凶殘！後嗣慎不足法！”
朱棣忍無可忍，命人當場砍斷他的雙手，然後又砍斷雙腳。四肢全無的黃子澄仍不屈服。朱棣就命人一刀一刀地將其磔殺。
黃子澄就這麽在四百多個親人的麵前被砍成了一堆肉泥。隨後，黃子澄的六十五個家人全部被斬首，三百八十個親戚全部流放邊疆。
第二個被捕的是齊泰。他同樣寧死不屈，被族誅。
曾經在濟南成功阻擊朱棣的鐵鉉，被押到朝堂上後，反身背對朱棣，還不停地破口大罵。朱棣命他轉身，鐵鉉堅決不從。朱棣命人割下他的耳朵和鼻子，鐵鉉依舊謾罵不止。朱棣下令“碎分其體”，磔殺於市。隨後，鐵鉉年逾八旬的父母被流放海南；十二歲的長子發配河池（今屬廣西）戍邊；七歲的次子被發配匠鋪，後被殺；妻女均被發往教坊司，實際上就是充作官妓。
建文朝的禮部尚書陳迪被朱棣責問，便當麵與他抗辯，罵不絕口。朱棣便將他和幾個兒子同日處決。臨刑前，朱棣命人割下他兒子的耳鼻，煮熟了讓他吃，並問他味道如何。陳迪說：“忠臣孝子的肉，鮮美無比！”接著繼續痛罵，和兒子們一起被淩遲處死。