到1651年（順治八年、永曆五年），孫可望部署的南明軍隊已經控製了貴州全省，前鋒進入湖南西部和四川南部。針對這一形勢，清廷除了加強湖廣的防務外，派遣平西王吳三桂、定西將軍固山額真李國翰帶領所部兵馬由陝西漢中入川。1652年二月初七日吳、李二部到達保寧（今四川閬中）[71]。十二日南下，二十二日推進到成都。奉孫可望之命守衛成都的總兵林時泰不戰而降。由於林時泰曾經投降過清朝，後來又在潼川反清歸明，吳三桂認為他是反複無常、奉有明旨緝捕的“欽犯”，下令把他斬首示眾。占領成都以後，吳三桂坐鎮該城，由李國翰統兵於二十四日收取眉州，二十五日占領嘉定（今四川樂山市），活捉明總兵龍名揚（倮?族，原為雲南臨安府石屏州宣慰司土官）[72]。三月，吳三桂、李國翰調集梅勒章京葛朝忠、白含真、佟師聖，夔州總兵盧光祖，左路總兵陳德，永寧總兵柏永馥等往攻重慶，初五日占領合州，分水陸二路進逼重慶。明軍守將盧明臣因兵力單薄，於十四日放棄重慶。四月下旬，吳三桂等派遣另一支由甲喇章京楊正泰、郭雲龍、右路總兵南一魁、敘州總兵馬化豹帶領的清軍進攻敘州，明守將王複臣、白文選主動撤退到永寧（今敘永）[73]。至此，清軍除了原先控製的保寧地區外，已奪得成都、重慶、敘州、馬湖、邛州、雅州、嘉定、眉州等府縣，清政府認為“全蜀漸次底定”，應當講求“善後”之策了[74]。
正在這時，孫可望從全局著眼，唯恐清軍在四川站穩腳跟後，南犯貴州，遂派撫南王劉文秀統領援兵四五萬人三路入川，由建昌、敘永、彭水展開全麵反攻[75]。八月初九日，明軍攻克敘府，據守該城的清兵“全軍覆沒，南總兵（南一魁）不知下落，馬總兵（馬化豹）隻身逃回，甲喇、牛錄死難者數十餘人”[76]。與此同時，明軍大將白文選也率部反攻重慶。吳三桂、李國翰見明軍勢大，於八月十九日在夾江縣同四川巡撫李國英緊急會商，決定全師“北撤，以保萬全”[77]。駐守重慶的清軍將領梅勒章京葛朝忠、佟師聖、白含真、鑲紅旗章京尹得才，總兵柏永馥、陳德、盧光祖於八月二十四日接到吳三桂的撤退命令，二十五日渡江北還。同一天，明軍收複重慶，隨即派兵尾追清軍，在距離重慶一百二十裏的停溪將清軍包圍，用火器四麵圍攻。二十八日，清軍大敗，梅勒章京白含真被活捉[78]，永寧總兵柏永馥帶著殘兵敗卒逃到保寧時，部下“兵支離削弱，才得百人”[79]。