清軍占領浙東、福建，鄭芝龍降清以後，原先唐、魯對立的局勢隨著發生了很大的變化。隆武朝廷既然已經不複存在，一些不願投降清朝的文官改奉魯監國。清政府以為把鄭氏集團的頭子鄭芝龍控製在自己手裏就可以使福建諸將聽命於己，這個目的也隻部分地達到，如施福、洪習山、黃廷、施郎等人歸附了清朝。鄭氏集團內反對降清的勢力也大有人在，鄭芝龍被誆騙挾往北京更使他們心懷疑懼。在群龍無首的情況下，鄭係將領一時分崩離析，自尋出路。鄭芝龍的老部將林察在福州即將失守時率兵保護續封唐王朱聿乘船逃往廣州，成為紹武政權的主要軍事支柱。鄭芝龍的弟弟鄭鴻逵、長子鄭成功當時實力和地盤都很小，卻誌不稍減，致力於招兵置船，恢複海上雄風，他們打的旗號是業已被清軍俘殺的隆武帝。鄭芝龍的旁係勢力鄭彩、鄭聯、楊耿等人則轉而改奉魯監國。
1646年（順治三年、魯監國元年）六月，魯監國朱以海在張名振等保護下乘船渡海到達舟山。駐守在這裏的肅虜侯黃斌卿借口自己是隆武朝廷所封，不承認魯監國的合法性，拒絕朱以海進城。魯監國在舟山群島上借住了兩三個月，大學士孫嘉績就病死在這裏[33]。九月間，據守金門、廈門一帶的永勝伯鄭彩、定波將軍周瑞帶領舟師四百艘來到舟山，見朱以海處境困難，決定把他迎往福建。十月二十五日從舟山出發，十一月二十四日到達廈門。[34]這時，鄭芝龍已經由安海赴福州博洛軍前投降，派人通知鄭彩獻出魯監國向清廷請賞。鄭彩不願降清，他擔心魯監國的安全，就把朱以海藏起來，另找一個相貌類似的人充當替身，叮囑部將如果鄭芝龍命人來抓魯監國，就把這冒充的人縊死，蒙混過去。幸好，鄭芝龍到福州後很快就被清軍脅迫北上，顧不上捉拿魯監國，朱以海才得以在鄭彩軍駐地安頓下來。