1646年八月，隆武帝在汀州遇害；九月，消息傳到湖廣和廣東、廣西等地，在南明各地官紳中又一次引起極大的震動。皇室繼統問題再次提上緊急日程。
在大多數官紳心目中，桂藩朱由榔是最合適的人選。這主要是出於血統親近的考慮。明末宗室中，同崇禎皇帝朱由檢最親的是他的祖父明神宗的子孫，即福、瑞、惠、桂四藩王。瑞王朱常浩原封陝西漢中，1643年李自成軍攻入潼關，常浩逃到四川重慶；次年張獻忠軍攻克重慶，常浩全家被殺。福王常洵之子由崧即上文所述弘光帝。惠王常潤原封荊州，當農民革命風暴席卷湖廣時，他經長沙、衡州逃到廣西，弘光在位時移住浙江嘉興[1]。1645年六月清軍迫近杭州，監國潞王朱常淓投降，常潤和周王、崇王也在清軍統帥博洛招誘下降清[2]，被押送到北京，後來同朱由崧、朱常淓等一道處死。這樣，到1645年六月以後，神宗子孫剩下的隻有桂藩了。
桂王朱常瀛是明神宗第七子[3]，原封湖南衡州，天啟七年（1627）九月二十六日就藩（即離京前往封地）。崇禎十六年（1643）八月，張獻忠部進軍湖南，常瀛逃往廣西。由於奔竄慌忙，亂兵乘機搶劫，朱常瀛隻帶著第三子安仁王由逃到了廣西梧州；第四子永明王由榔在永州被大西軍俘獲[4]。正在性命難保時，受到一個混入大西政權的明朝官員的暗中保護，又恰逢張獻忠決定做戰略轉移，率領大西軍入川，義軍北上後，明朝廣西征蠻將軍楊國威和部將焦璉率領四千多名士卒開進湖南永州等地，朱由榔才得以死裏逃生，被護送到梧州同其父聚合。1644年十一月初四日，朱常瀛在梧州病死[5]，安仁王由掌府事。次年弘光朝廷覆亡，廣西巡撫瞿式耜有意擁戴由繼位。但當時南明的政治中心仍在東南，支派甚遠的唐王朱聿鍵在鄭芝龍兄弟和黃道周等人的支持下捷足先登，由監國而稱帝。瞿式耜的願望不僅沒有實現，自己也因受隆武帝的猜忌而被調職[6]。不久，朱由一病不起，由榔被冊封為桂王[7]。