正如古語所說：“螳螂捕蟬，黃雀在後。”當紹武政權在同永曆朝廷交戰中取得勝利的時候，清軍在佟養甲、李成棟統率下正由福建經潮州、惠州向廣州急速推進，一路上幾乎沒有遇到任何抵抗。李成棟等人利用紹武政權的注意力完全集中於同西麵的永曆朝廷打內戰的機會，以迅雷不及掩耳之勢從東麵直撲廣州，進軍途中每到一地立即掃除傳遞軍情的塘兵，封鎖消息，用繳獲的南明地方官印發出太平無事的塘報[31]。十二月十五日，清軍前鋒以帕包頭，偽裝成明朝軍隊，出其不意地闖入廣州。朱聿和他的大臣們仍在夢中，預定是日“幸武學，百官鹹集”，忽然有人報告清軍來襲，蘇觀生還以妄言惑眾把報信人處斬。轉眼之間，清軍登上城牆，隨即去掉偽裝，露出辮子，亂箭下射，城中頓時鼎沸起來[32]。蘇觀生急令關閉城門，調兵作戰。可是，精兵都派往肇慶方麵去對付永曆朝廷，一時調不回來。廣州重鎮就這樣糊裏糊塗地被清軍占領[33]。紹武帝朱聿見大勢已去，拖了一條被子混在乞丐當中，被清軍查出，關在東察院。李成棟派人送飲食，朱聿說：“吾若飲汝一勺水，何以見先帝於地下。”自縊而死，總算有點骨氣[34]。蘇觀生在牆壁上寫了“大明忠臣，義固當死”八個大字，然後懸梁自盡，從各地逃至廣州的明朝親王、郡王共十六人，大抵被清方處斬。大學士顧元鏡、曾道唯等都屈膝投降。顧元鏡還替清方起草勸降檄文，其中說：“既不能為首陽之餓夫，即當為識時之俊傑。”[35]
紹武政權從建立到覆亡不過一個多月，它的“業績”就是打了一場爭奪帝位的內戰和導致廣東一省的陷沒。其後果是十分嚴重的，因為南明殘山剩水本已不多，廣東又是財賦充溢、人才密集的地方，一旦易手，南明朝廷回旋餘地大為縮小，財源和人力更加捉襟見肘。