李自成犧牲以後，大順軍餘部始終沒有形成一個自己的領導核心。史籍記載，在1645年東、西二路大順軍（由李自成、劉宗敏親自率領由西安經商洛、豫西、湖北襄陽、武昌一線撤退的大順軍主力為東路；李過、高一功所統陝北及甘肅等地駐軍經漢中、四川順江而下至湖北荊州地區的大順軍為西路）在荊州一帶會師後，曾有意擁立李自成的三弟為號召。不久，進攻荊州之役被來自南京的清貝勒勒克德渾部援軍擊敗，自成之弟和田見秀、張鼐、吳汝義等降清被殺，大順軍各部的離心傾向更加有所發展。原隨李自成東下的右營將領劉體純在1645年冬至1646年帶領部眾經河南西部再度攻入陝西，同武大定等人會合，圍攻省會西安，一時聲勢頗盛。後來被清軍擊敗，轉入川東鄂西（即夔東）堅持抗清鬥爭。袁宗第原是大順軍右營製將軍，是劉體純的上級，但在李自成犧牲後，他顯然已經失去了對右營諸將的領導地位，隻擁有為數不多的軍隊同牛萬才等部在湖南西部與明朝製輔堵胤錫一道繼續抗清。李過（即李錦、李赤心）、高一功（即高必正）同堵胤錫也保持較好的關係，但在1646年初荊州戰役後，李過、高一功等部退入巴東、建始一帶休整，袁宗第、牛萬才等人並沒有采取一致行動，留在湘西山區；後來忠貞營奉調入湘，經常德進攻長沙等地，遭到明督師何騰蛟的破壞後，接著是清鄭親王濟爾哈朗統兵南下湖南，李過、高一功等率部經湘東、廣東撤入廣西南寧地區，袁宗第也沒有隨同前往。湖南被清軍占領後，牛萬才於順治八年在漵浦投降清朝，袁宗第已帶領部眾進入夔東，同劉體純等部聯營。郝搖旗（郝永忠）自1645年以後長期追隨南明督師大學士何騰蛟，先後轉戰於湖南、廣西興安、桂林一帶。1648年他奉何騰蛟之命由廣西北上擊敗反正來歸的陳友龍部後，在永曆朝廷中備受指責。次年（1649）何騰蛟被清軍俘殺，他舉目無親，率部北上夔東，同劉體純、袁宗第，以及王光興、賀珍等部會合，主要活動於湖北房縣、均縣一帶。