吏治主張
張居正首先是從整頓吏治開始改革的。
在張居正看來，“致理之道，莫急於安民生；安民之要，惟在核吏治”。他首先從“尊主權、課吏職、信賞罰、一號令”入手，大刀闊斧地進行政治改革。
“尊主權”“一號令”的關鍵在於克治明朝權力機構運行不暢的痼疾。尤其嘉靖後期，“政務偷玩，事無統紀”，朝廷詔旨被視為故紙，來往公文多至沉埋，統治機構幾乎陷入癱瘓。
“蓋天下之事，不難於立法，而難於法之必行；不難於聽言，而難於言之必效。若詢事而不考其終，興事而不加屢省，上無綜核之明，人懷苟且之念，雖使堯舜為君，禹皋為佐，亦恐難以底績而在成也。”為了整頓吏治，以達到為官清廉，張居正於萬曆元年（1573）推行“考成法”。 所謂考成法，就是加大對官員的監管力度，督促一切政務的進行。具體方案是在各衙門分置三本賬簿：一本是底冊，記載一切發文、收文、章程、計劃；把其中例行公事無須查考的剔除之後，其餘項目再列成兩本同樣的賬簿——一本送各科備注，完成一件，注銷一件，定期檢查，如果有積壓未按時完成的，就由各科上奏候旨，另一本送到內閣備查。為使這一方案得以實施，張居正在明朝祖製六科控製六部的基礎上，再以內閣控製六科，這樣內閣——六科——六部，由內閣出政策，六部抓落實，六科抓監督，從而形成一個相互製約、相互監督的管理體係。
考成法的主要內容是加強內閣的行政和監察責任，提高吏、戶、禮、兵、刑、工六科的監察職能。六科是對吏、戶、禮、兵、刑、工六部百司相應而設的監察機構，張居正以六科督促六部，以六部督促諸司以及地方撫按，最後再由內閣直接控製六科，掌握對各級官吏的監察大權。考成法還對六部、都察院等具體行政衙門實施隨時考核、事事責成的稽查製度等。這一嚴密而完整的考成係統，將宦官統率六科、稽查章奏權移交內閣，從而在一定程度上減少了宦官幹政的可能，極大地提高了內閣的權威，使權力集中於首輔，從而加強了號令天下的中央集權。考成法提高了辦事效率，減少了各部門的相互推諉、扯皮，為精簡機構、節省政府開支提供了可能。稍後，張居正便下令裁減部院諸司冗官和各省司、府、州、縣官，以提高官吏的素質和行政效率。為排除宦官幹政，他告誡馮保“裁抑其黨，毋與六部事”，從組織機構上保證事權歸一，政令暢通。