裁撤冗員
張居正對一些官員的麻木不仁尤其不齒—應該為百姓做什麽，他們一竅不通，但是對如何從百姓身上弄錢，卻有超常的天賦。嘉靖年間，因國用不足，朝廷在江南一帶加賦，地方各級官員趁機多征（公私兼顧），民不堪其苦。當時請假在家的張居正，目睹民間疾困，曾說過：“欲物力不屈，則莫若省征發。”
“國家經費，莫大於祿餉。”明中期以後，官俸的支出有時甚至占全年財政開支的百分之三十。洪武年間，全國的文官隻有五千多人。正德年間，文官漲到了兩萬多名。明朝的武官因為是世襲製，子孫後代隻要通過了考試，國家就得授官。明初武官有二萬八千人，到正德時猛增至十萬。張居正首先是對南京的閑衙下手。成祖遷都北京後，在南京留下了一套與中央機構大致相仿的留守機構，這就是明代獨有的“兩京”製度。不過南京的所謂六部九卿，有高位而無實權，多半是養閑官的。張居正指示吏部，南京官職如果出缺，“非緊要者，不必一一推補”，以“虛其位”而達到裁員的目的。
精簡機構
萬曆八年（1580）十月，張居正令吏部遍查兩京衙門，“有冗濫者裁之”，隨後，大檢查在各省也漸次鋪開。萬曆九年（1581）正月，裁兩京戶部侍郎以下一百五十六個職位，同年還裁撤鄖陽巡撫、順天巡撫、湖廣總兵等地方高級大員職位。江陵柄政十年間，除去後來又增加的，部、院、都撫共淨裁二百一十五個職位。
萬曆九年（1581），裁去各衙皂隸編製一百九十四名，加上因裁官而無形中裁去的皂隸編製，等於當年共裁減皂隸六百二十二名。當時每個皂隸的勞務，每年需要約三十個丁壯輪流無償負擔。這就等於一年減少了一萬八千多丁壯的徭役。文官減少了五千人以上，武官減少了一萬七千人以上，文武官員總數從十二萬餘人壓縮到九萬八千人以下。