書院弊端
在進行政治和經濟方麵的改革之後，張居正又將眼光放在了教育上。當時教育領域的風氣可謂烏煙瘴氣：學生私自賄賂教員，而教員不負責任的同時也非常不自重。這導致很多人開始將名利作為目標，私下為了仕途走賄賂捷徑的人越來越多。如此一來，學子們不再追求學業，都一心想靠走後門進入官場。而一些官員也為了自身利益，開始縱容並接受好處。張居正對這種現象感到十分頭疼。他認為官場之中的腐敗，根源就是從教育開始的，如果想要徹底地杜絕這些現象，那麽就要用強硬的手段進行教育風氣的改革——必須先整頓翰林院，而後推廣至全國各地的普通書院。
在教育問題上，另一個比較突出的問題是私自開辦書院，打著書院的旗號聚斂財富。為此，張居正多次向萬曆皇帝上書要求關閉私人書院，嚴查私辦書院的相關人員。
當時張居正得到可靠的消息，說有一名叫施觀民的人違背朝廷的旨意，私自開辦書院收斂財富。張居正以此為契機，下令查封。同年七月和十月，張居正又兩次下發公文，不許私人創辦書院，一旦發現，嚴懲不貸。
書院改革
萬曆三年（1575）五月，張居正向萬曆皇帝上書，強烈要求“整頓學風、重振人才”，並且請旨要求將教育係統的官員一律換成品行端正、博學多才的官員；要求負責監督教育的官員，要經常親自到一些州縣去考察，廣泛地提倡孝道，推舉清廉作風；要求學子應該好好讀書，不能結黨營私，而且不能談論國家之事。
對於教育方麵的改革，張居正還製定了非常嚴密的條例：
一、在改革實施以後，各個省負責監管教育的官員都要親自帶領教員與學子將平時所學習的課程進行探討；教員以及學子不允許在府學、州學、縣學之外的地方私立書院，更不能結黨營私，召集一些無用之徒，談些與學業無關之事；不能妄想走捷徑行賄賂之事。