彈劾風波
張居正自執政後，與太後、馮保相安無事，小皇帝更是在其卵翼之下。在沒有權力製衡之後，人性中惡的一麵也十分易於滋長。張居正素有剛愎自用的特點，此時就更為獨斷專行。這也引起了一些言官的不滿。從萬曆三年（1575）起，彈劾張居正的風波便先後不絕。
萬曆三年五月，南京戶科給事中餘懋學，上疏議事，批評考成法太過苛刻，並暗諷張居正是阿諛之臣。張居正看了奏疏，大怒。隨後萬曆帝下詔，給餘懋學扣了一頂“此必是受了富豪賄賂”的帽子，予以革職，永不敘用。
河南道侍禦史傅應禎上疏，諷諫萬曆失德，實際是暗指張居正誤國。他提出，王安石曾以“三不足”誤宋神宗，皇上可千萬不要自誤。他還為餘懋學喊冤，認為一個言官以忠言上諫，竟然終身不用，“遠近臣民不悟，遂謂朝廷諱直言如此，其逐諫官又如此。相與思，相感歎，凡事有關於朝政者，皆畏縮不敢陳矣”。
傅應禎這下可惹火了萬曆，要動用廷杖伺候。張居正則表示反對，說聖旨一下，人心自當畏懼，就無人再敢於妄言了，勸皇上還是“行仁行義”。於是萬曆皇帝親筆批示“著錦衣衛拿送鎮撫司好生打著問了來說”，傅應禎被打成重傷，第二年被發配浙江定海充軍。
禦史李禎、喬岩毅然前往監牢探望傅應禎。兩人均被錦衣衛告密，被貶官。
巡按遼東禦史劉台，字子畏，江西安福人，隆慶五年（1571）的進士。張居正不但是他的會試主考、廷試讀卷官，還曾舉薦他當了巡按遼東禦史。就在傅應禎被發往浙江一個月後，萬曆四年（1576）正月二十三日，劉台上了一道著名的《懇乞聖明節收輔臣權勢疏》，不再拐彎抹角，而是直呼其名，譴責“大學士張居正作威作福，蔑祖宗法”。其言辭激烈，且條分縷析，把張居正執政以來的專橫與不檢點之處大加鞭撻。