統治集團內部黨爭的尖銳化，也是從萬曆朝的“爭國本”事件開始的。皇帝的接班人之爭涉及到帝國的國祚永存的大問題，專製獨裁的皇權專有必然以血統的純正為基礎，這樣立嫡立長成為帝國皇位承繼的規矩，就是皇帝本人也不敢輕易變更，國本之爭貫穿著皇朝的始終，爭論中的積極分子是文官集團的骨幹和近臣皇戚團夥馬屁分子。
神宗朝文官集團苦苦爭鬥十七年才在萬曆二十九年使皇長子朱常洛被立為太子告一段落，這樣自然形成太子黨。當然這場鬥爭的餘韻絕響將一直延續到南明小朝廷仍在發酵影響著政局的走向。在爭國本中，吏部文選郎中顧憲成成了太子黨的中堅分子，使得神宗皇帝對這廝非常不滿，就把他趕回了老家無錫。但這個死磕分子竟然在老家無錫城東修複了宋代的東林書院，公然以講學結黨，在朝野形成了很大的勢力，這就是東林黨的來源。
這廝糾合同黨高攀龍、錢一本加上罷官回籍的鄒元標等人，聚眾講學，每年一大會，每月一小會，當時一些對世道不滿的，和當局意見不合的所謂“抱道忤時”的家夥，也就是那些持不同政見分子，在東林書院諷議朝政，臧否人物，自負氣節，和當權派相對抗，他們的言論得到了社會上不滿現實的鄉紳、官僚、知識分子和商人的呼。應支持，與朝廷中觀點相同的官僚士大夫的遙相呼應。
東林書院環境優雅，林蔭覆蓋竹篁幽幽的庭院中傳來書聲琅琅和士子們對於朝政的激烈批評之聲，這裏顯然成了持不同政見者的大本營。曆來專製統治者不怕知識分子醉生夢死、聲色犬馬、貪汙腐化，就怕知識分子既關心國事政事，且又對朝政秉持著不同的政治見解。恰恰這幫家夥就是公開宣稱要“風聲雨聲讀書聲聲聲入耳，家事國事天下事事事關心”的主。