南京被攻破之前，馬士英、阮大铖等人先行開始向杭州方向逃竄，待到弘光皇帝朱由崧在蕪湖被清軍擒獲，黃得功不屈戰死，明清雙方戰局已經明朗。殘明勢力幾乎是不約而同地首先考慮到的監國人選是隱居在杭州的潞王朱常淓。
據李清的《南渡錄》記載：[1]馬士英挾持著太後一路**掠。先至廣德州，州人拒絕他們入城。老馬下令攻入城內，殺了知州趙景和等一批官員。稍事停留後，繼續向杭州進發。浙江巡撫、巡按等官員非常害怕老馬等人的到來，事先派官員到郊外迎接，希望軍隊駐紮郊區，不要進城。馬士英攜太後進城住在西湖小瀛洲。五月二十八日，太後大駕光臨，以城中總兵府為行宮。在浙江和杭州的官員和潞王前去朝見時，發現逃難中的太後儀仗和守衛都很寒酸蕭條，大家都懷疑馬士英是以自己的老母親假扮成太後來糊弄大家的。薄暮時分，為馬閣老接風的酒宴正在西湖邊的樓外樓進行中，未曾料到城中豐寧、太平兩家官方妓院（教坊）不知因何竟在樓外樓外放起了鞭炮。馬士英的心緒被鞭炮聲攪和得心慌意亂，已經完全沒有了心思和浙江省、杭州市的官員們喝酒周旋，他驚慌失措地提前離開了晚宴現場。
當晚老馬一行住在停泊在湖心亭的小船上。次日拂曉，官員們再去朝見太後，老馬已經派遣精甲百餘人進行護衛。請出老太後，太後著鍺色服裝，由一穿紫色衣服的女官服侍著，令官吏士民皆入見。朝拜完畢，太後召見了浙江在籍官員，但是未見到劉宗周和章正宸（弘光朝大理寺丞）。次日，劉宗周和熊汝霖（弘光朝吏科右給事中）前來拜見。熊汝霖也是官場幾起幾落，見過大場麵，敢於直言的人，他見到馬士英就責問道：“聖駕何在，你怎麽跑到此地了？”老馬無言以對。不數日，阮大铖、朱大典（弘光朝鳳陽巡撫）、方國安（弘光朝總兵、鎮東侯）一起倉皇逃竄到了杭州，請潞王監國，潞王不肯。