對於台灣取何種態度，也是清政府反複爭論的問題，以鼇拜為首的保守勢力極力壓製進取台灣的主張，但是康熙皇帝一直主張進取台灣，在平定“三藩”之亂後，啟用主張統一台灣的姚啟聖為福建總督，施琅為福建水師提督，籌劃武裝統一台灣。這樣明清之際第二位主張台灣回歸祖國懷抱的大將軍、民族英雄施琅登上曆史舞台，繼承了鄭成功統一台灣的千秋大業。而這位施琅將軍卻和鄭芝龍、鄭成功家族有著解不開的恩恩怨怨，但他終以統一大業為重，放棄私人恩怨，在血戰澎湖消滅鄭軍海上主力，在形成強大軍事威懾的前提下，以和平手段收複台灣，最終完成祖國統一大業。
據《清史稿·施琅傳》記載：施琅，字逐公，福建晉江人。初為明總兵鄭芝龍部下左衛鋒。也就是說施琅早年也是追隨鄭芝龍的海匪出身。隻是在老鄭被明廷招安以後他才隨芝龍擔任了明朝的軍職。順治三年（1646年），清軍進抵福建，鄭芝龍投降，施琅追隨也向清廷投降。隨後隨清軍征服廣東、勘定順德、東莞、三水、新寧諸縣。鄭芝龍被清軍掠去京城，鄭成功背父堅持抗清流徙於東南海島之間，曾經召喚施琅追隨，施琅堅決不幹。鄭成功抓住了施琅，並扣押其家屬。施琅設計脫身，施琅的父親、弟弟、侄兒皆被鄭成功所殺害。順治十三年（1656年）施琅隨從定遠大將軍世子濟度擊敗鄭成功於福州，因功受同安副將。順治十六年（1659年）鄭成功收複台灣，施琅提升為同安總兵。
康熙元年，施琅升任水師提督。這時鄭成功已經去世。他的兒子鄭經率兵攻打海澄，施琅派遣守備汪明等人率舟師在海門抵禦，斬殺鄭將林維，繳獲戰船軍械。不幾年，靖南王耿繼茂、總督李率泰攻克廈門，鄭軍驚慌潰退，施琅招募荷蘭水兵，以夾板船擊潰鄭經水兵，斬敵軍首級二千餘，乘勝取得浯嶼、金門二島，因功加右都督。康熙三年加靖海將軍。