蘇軾做地方官時一般相安無事，一旦回到朝廷，卻總有麻煩纏身。眼下，他的一大“罪名”是推薦蜀人及門下士人做官，形成所謂蜀黨，結黨營私。
元祐八年（1093）的四五月份，諫官黃慶基等人連上七道奏章彈劾蘇軾，奏章中說：“禮部尚書蘇軾，天資凶險，不顧義理，言偽而辨，行僻而堅。故名足以惑眾，智足以飾非，所謂小人之雄，而君子之賊者也。”
這個以君子自居的小人黃慶基，言辭功夫不差，甚至摘取蘇軾任中書舍人時撰寫的製誥中的文字，牽強附會，指責蘇軾“訕謗先帝”。在他的攻擊下，朝廷沸沸揚揚，之前那些欲巴結蘇軾的小人，皆轉過身去磨刀。然而，宰相呂大防一改平時的老好人形象，在千鈞一發的時候，站出來主持了一回公道，指責言事官“中傷士人，動搖朝廷”。高太後也乘勢發力，罷免了黃慶基和同謀的禦史董敦逸。
朝堂爭鬥，暫時告一段落。可是天有不測風雲，生活上的打擊突然降臨到了蘇軾身上。這一年的八月一日，蘇軾的夫人王閏之因病去世。這對年過半百的蘇軾來說，是一個沉重的噩耗。雖然王閏之沒有像王弗那樣陪伴蘇軾度過青蔥歲月，引導蘇軾在愛情和事業上走向成熟 , 也不如王朝雲懂得蘇軾的心思，但她和蘇軾的感情也是樸實長情的。
蘇軾曾多次誇讚王閏之是個賢妻，她在生活上無微不至地關心蘇軾，與蘇軾的侍妾王朝雲也能和睦相處。她陪著蘇軾走過了起伏多變的二十五年，風光時不驕縱，落魄時也心甘情願地同蘇軾赤腳耕田。但如今，她再也不會出現了 , 再也不能與蘇軾並肩承受那些冰冷的風雨了。
痛苦之中，蘇軾含淚寫下了情絕千古的祭文《祭亡妻同安郡君文》，其中說道：
婦職既修，母儀甚敦。三子如一，愛出於天。從我南行，菽水欣然。湯沐兩郡，喜不見顏。我曰歸哉，行返丘園。曾不少須，棄我而先。孰迎我門，孰饋我田。已矣奈何，淚盡目幹。旅殯國門，我實少恩。惟有同穴，尚蹈此言。嗚呼哀哉！