康有為並不是一個純粹的儒家學者，他對儒家精神的重新詮釋，並不具有純學術的意義，他的目的隻是為了中國的變革與發展，隻是為了政治的需要，因此當甲午戰爭爆發之後，特別是《馬關條約》簽訂之後，康有為義無反顧地投身於現實政治鬥爭中去。
1895年4月初，從日本不斷傳來的消息令中國人忐忑不安。最先引起震動的當然是那些擁有知情權的統治層。4日，直隸總督兼北洋大臣王文韶通過自己的渠道得知李鴻章在馬關議和的大概情形，他雖然對日本政府向中國苛刻的索賠條件感到憤怒，但也深知中國拒絕日本政府提出的條件可能會出現的問題，中國實際上陷入兩難的境地，對於日本的條件，“不允則目前無以自強，允之則日後何以自立，憂憤交縈，殆難言狀”。中國既不能接受日本的要挾，也不能拒絕日本的要挾，這是比較矛盾的一派人的看法，而另外一派則堅決反對。4月4日、6日，翁同龢連續兩次在廷議中力陳台灣不可棄，否則恐失天下人心。給事中餘聯沅及翰林院編修丁立鈞於4月15日聯名上奏清廷，請求政府不要同意日本的條件，重行備戰，與日本決一雌雄。
反對派的意見曾一度被政府所采納，但弱國無外交，中國政府終究頂不住日本的壓力。4月14日，清政府電示李鴻章：如果中國政府提出的條件日本還是不願接受，中日之間的和約即可簽字。第二天，李鴻章同意了日本的條件，中日之間的議和最終以日本的不讓步而結束。4月17日，《馬關條約》簽字，中國承認朝鮮獨立，割讓遼東半島、台灣及澎湖列島，賠款兩萬萬兩，開沙市、重慶、蘇州、杭州為通商口岸，日本人得在各通商口岸從事各項工藝製造。
《馬關條約》正式簽字的消息傳來後，國內的反對聲浪較談判時期更為高漲。最激烈的反應首先來自將被割讓給日本的台灣。台灣巡撫唐景崧在和約簽字前後連電清政府，力言台灣不可割讓，否則中國將何以立國？台灣一旦割讓給日本，那麽百萬生靈如何處置？而且割讓台灣必將在國內外引起連鎖反應，“外洋能不生心，宇內亦將解體。閩、廣、江、浙，鄰台咫尺，一日不能安枕”。台灣民眾在得知台灣被割讓的消息後，一時哭聲震天，無可撫慰，慘不可言。19日，台灣紳民挽留唐景崧在台灣領導他們堅守到底。20日，台北罷市，紳民請英國駐台灣領事想辦法，擬將台灣交給英國保護。同一日，唐景崧致電清政府，表示台灣人民寧願效死而不肯接受日本的殖民統治。