前後曆時半年的馮雲山案是太平天國開國史上的大事件。在此之前，由馮雲山在紫荊山區首創的拜上帝會始終是一個公開傳教的宗教團體。雖然在洪秀全到來後，曾有過洪、馮親率會眾外出搗毀邪神偶像的激烈舉動，但從總體上說，拜上帝會的活動並沒有超出中國傳統社會秩序所能允許的範圍。直到馮雲山被官府羈押後，拜上帝會仍堅持以合法的手段抗爭。馮雲山在申訴時強調其敬拜上帝是“遵旨敬天，不犯不法”，又引用儒家典籍中的相關論述作為佐證。洪秀全則試圖通過廣州傳教士的教堂直接向兩廣總督耆英申訴。
但在此之後，拜上帝會開始秘密謀創立國，興兵起義。它的性質也有了根本的轉變。從客觀上說，地方團練的相逼是迫使拜上帝會走上造反之路的外部條件。李秀成在追敘金田起義的起因時說過：“自道光廿七八年之上下，廣西賊盜四起，擾亂城鎮。各居戶多有團練。團練與拜上帝之人，兩有分別。拜上帝人與拜上帝人一和（夥），團練與團練一和（夥）。各爭自氣，各逞自強，因而逼起。”
馮雲山案件的發生，無疑起了一種催化劑的作用。而楊秀清與蕭朝貴兩人之脫穎而出並得以躋身領導層，是促成拜上帝會轉化為革命組織的內部條件。
一 楊秀清與蕭朝貴嶄露頭角
馮雲山的被羈押以及隨後被遞解回籍，加上洪秀全的一度回廣東，給精悍的楊秀清造成了嶄露頭角的機會。1848年4月，他利用當地民間的“降僮”習俗，聲稱“天父下凡”，逐步控製了紫荊山區的拜上帝會。
同年9月，楊秀清的密友蕭朝貴也假稱“天兄下凡”，從而取得了代“天兄”傳言的資格。作為“皇上帝太子”的耶穌降臨人間，是對“天父下凡”的必要補充，也是其合乎邏輯的發展。從此兩人相得益彰，通過天父、天兄的頻頻下凡，左右了拜上帝會的活動及其進一步發展的方向。