南京為六朝古都，扼東南形勝，自古為兵家必爭之地；加之地處江南富庶之鄉，人文薈萃，工商發達，明清以來已發展成東南第一大都會城市。揚州、鎮江為南北漕運通長江的重要樞紐。尤其是揚州，雖於嘉慶、道光以來逐漸中落，仍不失為繁華的商業都會。三城的攻占，無疑是太平天國自金田起義兩年多來，尤其是自永安突圍近一年來所取得的最為輝煌的勝利。如何鞏固和擴大這一勝利，在太平天國領導層內部出現了不同的意見。
一 建都之爭與朝政建設
天王洪秀全提議分軍鎮守江南，而以主力繼續北上“取河南為業”，這是他在長沙撤圍時就曾提出的設想。河南號稱“天下之中”，是洪秀全心目中理想的建都之所。但他對河南的現實狀況可能並無多少了解。掌握實權的東王楊秀清否定了洪的提議。而楊本人也是在聽取了一位老年湖南水手的建議後才改變了初衷的。李秀成回憶此事的經過時說：
此時天王與東王上（尚）是計及分軍鎮守江南。天王心欲結往河南，欲取得河南為業。後有一老年湖南水手，大聲揚言，親稟東王，不可往河南，雲：“河南河水小而無糧，敵困不能救解。爾今得江南，有長江之殮（險），又有舟隻萬千，又何必往河南。南京乃帝王之家，城高池深，民富足餘，上（尚）不立都，爾而往河南何也？”他又雲：“河南雖是中洲（州）之地，足備穩殮（險），其實不及江南，請東王思知！”後東王複想見這老水手之言，故而未往。此水手是架（駕）東王坐舟之人。被該水手說白，故而改從。後即未往，移天王駕入南京，後改為天京。
顯然這一場爭論是在舟中，於南京尚未攻取之時就已開始了。而自益陽以後，經嶽州到武漢三鎮，再順江東下，太平軍能迅速機動並取得一係列重大勝利，水師的舟楫之便無疑發揮了巨大作用。因而這位老年湖南水手的建議，不能不對身為軍事統帥的楊秀清產生決定性的影響。