一 慈禧太後專權體製的確立
在這一階段中，清朝中央政府權力結構的變化主要有兩個，首先是慈禧太後個人專權體製的確立，其次是總理各國事務衙門權力的擴張和定型。
朕奉兩宮皇太後懿旨，本月初五日據蔡壽祺奏，恭親王辦事徇情、貪墨、驕盈、攬權，多招物議，似此劣情，何以能辦公事！查辦雖無實據，事出有因，究屬曖昧，難以懸揣！恭親王議政之初，尚屬勤慎，迨後妄自尊大，諸多狂傲，倚仗爵高權重，目無君上，視朕衝齡，諸多挾製，往往暗使離間，不可細問，每日召見，趾高氣揚，言語之間許多取巧妄陳。若不及早宣示，朕親政之時何以用人行政。凡此重大情形，姑免深究，正是朕寬大之恩。恭親王著毋庸在軍機處議政，革去一切差使，不準幹預公事，以示朕曲為保全之至意。至軍機處政務殷煩，著責成該大臣等共矢公忠，盡心籌辦。其總理通商事務衙門各事，宜責令文祥等和衷共濟，妥協辦理。以後召見、引見等項，著派醇郡王、鍾郡王、郛郡王四人輪流帶領。特諭。
二 總理各國事務衙門權限和官製的確定
至於總理衙門的權限，1898年（光緒二十四年）該衙門大臣奕劻曾陳述道：“我朝庶政分隸六部，佐以九卿，嗣因交涉日繁，複特設總理各國事務衙門，專辦外交及通商事件。如法律隸刑部，稅計、農商、礦政、造布事隸戶部，學校事隸禮部，工務事隸工部，武備事隸兵部，鐵路、郵政、遊曆、社會等項，亦均由臣衙門隨時籌辦。”繼而又有刑部郎中沈瑞琳總括其職權說：
該衙門之設也，……不僅為各國交涉而已，凡策我國之富強者，要皆於該衙門為總匯之地，而事較繁於六部者也。夫銓敘之政，吏部主之，今則出洋大臣期滿，專由該衙門請旨，海關道記名，專保該衙門章京，而吏部僅司注冊而已。出納之令，戶部掌之，今則指撥海關稅項，存儲出洋公費，悉由該衙門主持，而戶部僅司銷核而已。互市以來，各國公使聯翩駐京，租界約章之議，燕勞賚賜之繁，皆該衙門任之，而禮部主客之儀如虛設矣。海防事起，力求振作，采購戰艦軍械，創設電報郵政，皆該衙門主之，而兵部武庫、車駕之製可裁並矣。法律本掌於刑部，自各國以公法相持，凡交涉詞訟之曲直，悉憑律師以為斷，甚或教案一出，教士多方袒護，畸輕畸重，皆向該衙門論理，而刑部初未與聞也。製造本隸於工部，自各國船堅械利，耀武海濱，勢不得不修船政、鐵政，以資防禦，迄今開辦鐵路，工作益繁，該衙門已設有鐵路、礦務總局矣，而工部未遑兼顧也。是則總理衙門之事，固不獨繁於六部，而實兼綜乎六部矣。