從天津教案之後到1895年的成都教案，25年間全國各地具有一定規模的教案共180餘起，主要集中在四川、福建等省和長江流域地區。較為重大的教案略舉如下：
（一）黔江教案
黔江縣位於四川東部偏僻山區。1863年，天主教傳入黔江，僅有教徒而無教士和教堂。1873年，法國駐重慶主教先後派華籍教士張紫蘭潛入黔江，私買民房，又招法國教士餘克林、華籍教士戴明卿到黔江建堂傳教，強勸民眾入教。9月初，該縣局紳楊萬象、李淵樹散布假造的《大法國使臣告示》，聲稱法國將先行傳教，然後取清朝而代之，以激起民眾對法國教會的仇恨；又假借湖北鹹豐縣團練公局的名義，發布告示稱：“現在調齊團勇，不日提兵入疆。隻將教匪殄滅，黔邑絲毫不傷。”鳴鑼集眾，驅逐教士。9月5日淩晨，縣民百餘人聚集餘克林寓所，將餘克林、戴明卿扭至城外河邊毆斃。張紫蘭躲入縣署得免。知縣桂衢亭率人前往彈壓，拿獲陳宗發、謝家俸等6人。教案發生後，法國駐華公使熱福理照會總理衙門，稱教案“係該縣知縣桂衢亭主謀，並有局紳在內，同謀戕殺”，企圖“委咎於地方官，為將來要挾地步”。清廷令川東道審結此案。法國天主教川東主教範若瑟為了迫使清廷派大員前往查辦，故意不讓原告張紫蘭出麵對質，拖延20個月無法結案。1875年6月，清政府派員與法國公使代表議定結案：縣令桂衢亭革職，局紳楊萬象、李淵樹充軍，陳宗發（已死）、謝家俸被處死，蔡從僖、鄭雙荃照例定罪，賠葬費銀1500兩，原縣令交贖罪銀38500兩給教會。
（二）延平教案
福建延平教案是由當地民眾阻止英、美教會建立教堂所引起。1873年，受英國教士派遣的教民魏代沐以他人名義在延平府南平縣購房改建教堂，紳民以有礙道路前往阻止，搬走木料。傳教士認為地方官未能保護教民修建教堂的權益而十分不滿。英國駐福州領事不僅一再要求閩浙總督飭令府縣查辦，還通過英國公使威妥瑪向總理衙門多番交涉，竭力擴大事端，要求懲處地方官紳，糾纏不已，直至1880年始議定：紳民將鐵象坊的房屋一起，或租或借給教民，期限10年。雙方訂立合同：教民原購房屋作價360千文，磚瓦和木料等作價洋銀300元，交領事轉給。