從1896年到1900年，短短的5年間全國共發生教案近150起，相當於前期20年發生教案的總和，反映了甲午戰爭之後帝國主義與中華民族的矛盾空前激化，而戰敗的清政府在教案的對外交涉中已經無力與列強抗爭。民眾反對外國教會同時，也直接與清政府發生武裝對抗。這5間年最典型的教案就是1897年的山東巨野教案和1898年的四川大足教案。
（一）巨野教案
1897年德國兩名傳教士在山東巨野縣被殺，德國借此出兵占領膠州灣，這就是轟動中外的巨野教案；因巨野縣時屬曹州府，故又稱“曹州教案”。
1880年，德國天主教聖言會傳教士安治泰即進入山東煙台活動。1882年，安治泰在陽穀縣建立了山東東南部的第一個教堂，另一位聖言會傳教士福若瑟則於1885年進入巨野縣的磨盤張莊建立了曹州的第一個教堂。1886年，羅馬教皇任命安治泰為山東南部教區主教，福若瑟為副主教。至1893年，在山東的德國傳教士已有34人，建立教堂12座，發展教徒4000人。1894年德國傳教士薛田資被派到磨盤張莊傳教，發展教徒。
1897年11月1日，這一天是天主教的萬聖節。德國聖言會傳教士韓理和能方濟來到磨盤張莊教堂，與薛田資一直閑聊到深夜。三人剛入睡，一夥人潛入院內，韓理和能方濟驚覺後從窗口開槍。這夥人衝入室內，將兩教士殺死，薛田資躲在門房內幸免一死。兩教士被殺的具體原因以及何人所為，曆來說法不一。清政府堅持是強盜行竊殺人案件；而不少的中外記載和口碑資料則稱是大刀會組織了這次行動。薛田資還直接指控曹莊大刀會首領曹作勝及其同夥是凶手。德國駐華公使海靖也堅持這是民人仇教的報複行凶案件，並指責山東巡撫李秉衡素與外國人不睦，對教堂不加保護。清政府堅持此案是強盜行竊殺人，意在減輕官方的責任，因為這類案件在任何國家都難免。而德國堅持認為是仇教的報複行凶案件，是官方保護教士不力、縱容仇教所致，以便擴大事態，為德國出兵山東尋找借口。