一 阿古柏入侵新疆與俄國強占伊犁
1860-1864年，俄國強迫清政府簽訂《中俄北京條約》和《中俄勘分西北界約記》，割占中國巴爾喀什湖以東、以南44萬平方公裏的領土之後，企圖進一步鯨吞新疆，進而南下與英國爭霸南亞地區。英國則以印度為基地，意欲侵占西藏，插足新疆以阻止俄國的南下。
1864年以後，新疆維、回各族的反清起事日趨擴大，這些起事被一些宗教和上層分子控製，在庫車、和田、烏魯木齊、伊犁、喀什噶爾等地建立若幹割據政權。布魯特頭目思的克和回民頭目金相印攻占喀什噶爾回城疏附後，為了便於控製該地區，派人去中亞浩罕汗國，迎請流亡該國的前統治者大和卓後裔布素魯克。浩罕汗國攝政王即派部將阿古柏以護送布素魯克為由，於1865年1月入侵南疆。阿古柏將布素魯克扶上“汗”位，自己掌握實權，並驅逐思的克，占據喀什噶爾回城。此後，阿古柏招納浩罕殘兵7000餘人，不斷擴充自己的勢力，先後攻占英吉沙爾、疏勒（喀什噶爾漢城）、沙車、和田、阿克蘇、庫車、喀拉沙爾（今焉耆）等城。1867年，阿古柏宣布成立“哲德沙爾國”（意即七城國），自稱“巴達烏勒特汗”（意為“幸運之主”）。1870年，阿古柏相繼侵占吐魯番和烏魯木齊，將侵略勢力從南疆擴展到北疆的部分地區，對新疆各族人民實行血腥的屠殺和殘暴的統治。
與此同時，俄、英爭霸中亞的焦點也集中於南疆地區，都力圖將阿古柏政權作為侵占新疆、遏製對方的工具。
1865年，俄國開始進攻與南疆接壤的浩罕汗國，占領中亞最大的城市塔什幹。次年，又吞並了中亞的布哈拉汗國，並與阿古柏達成協議，對於彼此的行動互不幹涉。1867年，俄國政府宣布在塔什幹城設立土耳克斯坦總督府，下轄七河省和錫爾河省。七河省管轄的地區主要是俄國通過《中俄勘分西北界約記》所侵占的中國領土。同時，俄國為了達到控製喀什噶爾地區的目的，還要求阿古柏同意“建築一座橫跨納倫河的橋梁和一條通過天山進入喀什噶爾的軍用公路”，企圖將喀什噶爾完全置於俄國的控製之下。阿古柏也不甘心聽憑俄國的任意擺布，拒絕了這一要求。俄國作好了武力攻占喀什噶爾的準備，隻因當時忙於鎮壓浩罕和布哈拉爆發的抗俄起義，才未能實施。1872年6月，俄國采取威脅利誘的手法，與阿古柏正式簽訂通商條約，俄國承認阿古柏為“哲德沙爾元首”，阿古柏則同意俄國可以在南疆各地自由通商，在各市鎮設立貨棧，派駐商業代理人，俄國商品進入南疆隻納2.5%的從價稅，並可過境運往其他地方。此後，俄國不斷派商隊、軍人或探險隊到南疆活動。