一 海軍建設新方針的確定和海軍衙門的設立
清廷有關海防討論的上諭發出後，各地方大員紛紛奏複，表示讚成，並各自提出了購置船艦建立海軍的建議。其中主要者，“如左宗棠所稱海軍宜立十大軍，穆圖善所稱海軍宜區四部，楊昌浚所稱水師宜設三大支”，李鴻章所稱“宜設水師四支”。特別是李鴻章和左宗棠還指出了由朝廷設立專門機構，統一全國海軍事權的重要性和緊迫性。李鴻章說：“西國設立水師，無不統以海部，即日本亦另設海軍卿以總理之。”而中國“自開辦水師以來，迄無一定準則”，各省自為，事權不一，因此雖“耗費不貲，終無實效，中外議者多以為訾”，今後“若專設有衙門，籌議有成規，應手有用款……一切詳細綱目，須參考西國海部成例，變通酌定，南北一律，永遠遵循。斯根柢固而事權一，然後水師可治。”左宗棠則說：“海防無他，得人而已。今欲免奉行不力之弊，莫外乎慎選賢能，總提大綱，名曰海防全政大臣，或名曰海部大臣。凡一切有關海防之政，悉由該大臣統籌全局，奏明辦理。”
經過疆吏討論、朝臣會議和朝廷批準，確定了海軍建設的新方針：一是要在原有的基礎上進一步加強海軍建設；二是將原先的同建三洋海軍，改為先重點建北洋海軍，然後再陸續加強其他海域海軍；三是將海軍的建設和指揮權，由以前的各洋、各省各自為政，改為由朝廷統一掌管。這一調整，是清廷和有關官員借鑒世界各國海軍建設經驗，吸收中法海戰中各洋海軍調遣不靈的教訓，依據自己的財政力量和海防地域的輕重布局，為提高海軍建設的效果而作出的，應該說比較切合當時的實際狀況，如果實施得好，應該能夠克服前期之缺陷而增強海防力量。但是，在以後的海軍建設和指揮中，這一方針並沒有得到很好的實施，或被大打折扣，或被偷梁換柱、假公濟私。