程朱理學，尤其是經過朱子的完善之後，自南宋以來發展蔚為壯觀，及至元代被立為官學，對於整個中國傳統影響深遠。
朱子用理和氣的關係來解釋世界的構成，我們後來稱其為“理本論”。這是對二程思想的繼承，二程對自己的理論非常有自信，認為“‘天理’二字是自家體貼出來的”。朱子認可二程的理論，並且在二程理論的基礎上完善了理氣關係的討論，從而確立起他的理本論。顯然，在朱熹看來理是外在的，是天理，所以“理也者，形而上者道也”。在這個理氣結構中，理是根本的，理落實於人為性，是人的根據，人之形體稟之於氣。由此，當然朱子也必須講心性問題。對於心的理解不是從本體意義上出發的，他強調的是心的知覺和主宰的作用，正是在心的作用下，才有人心和道心的區分。人心是從形氣而言的，道心則是從天理而言的，二者都是可以在一心之上呈現出來的。也就是說，天理和人欲，事實上就是因為人心的不同事實呈現的結果，因此，“存天理、滅人欲”的工夫實際上就是針對心展開的，在這裏，“心”是朱子理學工夫所指向的對象。作為工夫而言，其所要達到的結果很自然要合乎天理。所以，朱子強調以心合於天理，人心聽命於道心，這樣心與理就成了兩個不同的東西，而且心是第二義的。
總之，理和氣、心和性在理論上表現出來的二元結構範式，在某種程度上是不能令人滿意的，也和儒家傳統的圓融結構不太一致。因此，與朱子同時的陸九淵非常直接地批評了這種解釋框式。
蓋心，一心也；理，一理也。至當歸一，精義無二。此心此理實不容有二。故夫子曰：“吾道一以貫之。”孟子曰：“夫道一而已矣。”（陸九淵《與曾宅之》）
雖然朱子一直強調一個心，但是在朱子這裏，心是屬於氣和理的，實際上存在著將人心和道心二分的傾向，這是陸九淵不滿的。按照陸九淵的看法，心與理必然為一，而不是二，而且這種一不是像朱子所理解的用“心”去“合乎理”而達到的一，而是從在後天工夫論意義上來說，本來就是一。