基於獨特的個性，王充的思想是有其特別之處的。王充立論的根基，是氣一元論。氣即元氣，是中國傳統哲學中用以表達物質存在的基本範疇，在傳統觀念中，氣是產生天地萬物的根據，故而王充稱“元氣，天地之精微也”（《論衡·四諱篇》）。這種至精至微的氣，是世間一切現象存在的根據，在邏輯上先於一切具體事物而存在。那麽，氣又是如何產生萬物呢？“天地合氣，萬物自生”（《論衡·自然篇》），“夫天覆於上，地偃於下；下氣蒸上，上氣降下，萬物自生其間矣”（《論衡·自然篇》）。氣是運動的，盈於天地之間。天有天之氣，地有地之氣，即陰陽二氣。在氣的運動過程中，萬物也就產生了。“天之行也施氣，自然也。施氣則物自生，非故施氣以生物也。不動，氣不施；氣不施，物不生；與人行異。日月五星之行，皆施氣焉。”（《論衡·說日篇》）在王充的解釋中，物之生，源於氣之施，即氣之動。氣的運動成為解釋萬物生成的根據，但氣的運動並非出於某種特定的目的，這就取消了天或者神等意誌在萬物產生過程中的作用，而將萬物的產生歸結為一個自然的過程，所謂“天動不欲生物而物自生，此則自然也。施氣不欲為物而物自為，此則無為也。謂天自然無為者何？氣也，恬澹無欲，無為無事者也”（《論衡·自然篇》）。以“自然”和“無為”來限定萬物產生之過程，即取消了意誌性、目的性的因素在萬物產生過程中的作用，萬物的產生因此被描述為基於氣之運動的自然過程，這是王充氣一元論思想的基本內涵。同時，我們也可以很明顯地看到道家思想對其的影響，王充本人也明確地承認自己的論述“雖違儒家之說，合黃老之義”（《論衡·自然篇》）。當然，這裏需要指出，王充對於“自然”討論的最大特色，就是把“自然”和“無為”聯係在一起，這是之前思想中從未出現過的。