東林黨和閹黨的鬥爭是明朝曆史上，特別是晚明曆史上的一件大事，它直接影響到明朝官場的走向，影響到明朝萬曆後期、天啟和崇禎年間的政策製定和人心向背。如果沒有東林黨，就沒有閹黨；如果沒有閹黨，後來也就不會鬧出那麽大的事情。
東林黨的出現，和明朝的“國本之爭”是直接相關的。
說起來很好笑，萬曆皇帝十歲繼位，二十歲的時候有了第一個兒子朱常洛，也就是天啟皇帝和崇禎皇帝的父親。但是，朱常洛的出身不好。帝王之家，子以母貴，母親的身份高貴，兒子的身份才高貴。皇後的兒子叫嫡子，是最高貴的；貴妃的兒子也比較高貴。但是朱常洛出身微賤，他是萬曆皇帝一時興起，和一個並不了解也並不真正喜歡的，李太後宮中的宮女生下的孩子，因此他被萬曆皇帝嫌棄地稱為“都人之子”。這就埋下了明朝後期黨爭的導火索。
過了三年半，萬曆皇帝的第二個兒子出生了。嚴格說來，這個兒子是皇三子，因為原本的二兒子夭折了，所以皇三子就變成了皇次子，他就是後來大名鼎鼎的福王朱常洵。朱常洵是鄭貴妃的兒子，而鄭貴妃是萬曆皇帝最喜歡的女子，她比萬曆皇帝小兩歲，與萬曆皇帝情深意長。萬曆皇帝在位後期，天天在宮裏幹什麽呢？有人分析：第一，在抽煙；第二，跟鄭貴妃討論文學問題。
毫無疑問，因為孩子母親的原因，萬曆皇帝不喜歡皇長子朱常洛，喜歡皇次子朱常洵。於是外廷的文官開始警惕了。
明朝有時候確實是文官壞事。文官恪守祖宗法度、聖賢道理，認為立皇子要以立嫡、立長為原則。朱常洛是皇長子，而萬曆皇帝的皇後沒有兒子，既然沒有嫡子，就立子以長，這叫“長幼有序”。實際上，這也有可能是他們想借此壓製鄭貴妃。他們擔心皇帝和鄭貴妃在一起，就會沉溺於女色，就會不管理國家大事。中國人很多時候都把男人幹壞事歸罪於女人，比如，把商紂王亡國歸罪於妲己，把周幽王亡國歸罪於褒姒。他們也不想想，就算沒有鄭貴妃，萬曆皇帝難道不會有王貴妃、馮貴妃嗎？