紀曉嵐自乾隆五十七年（1792）八月複遷禮部尚書，仍署左都禦史，五十八年（1793）充殿試讀卷官，官職頻有變動，但一直未能進入清廷的中樞軍機處。
軍機處是“天下政務之總匯”，掌軍國大政，以讚機務。其主要執掌，是擬寫皇帝發布的諭旨、辦理皇帝交議的大政、審辦大獄案件、奏補文武官員、考察行軍之山川道裏與兵馬錢糧、察考大典舊案與考證曆史事件等。軍機大臣常日直禁廷以待召見，皇帝出宮赴西苑、圓明園、或出京巡幸行圍所駐行宮，都有軍機大臣值房。皇帝召見軍機大臣，太監都不得在側。自王以下滿漢文武大臣，皆不允許擅自到軍機處或找軍機大臣談話，違者重處不赦。雖然軍機大臣是兼職，由滿漢大學士、尚書、侍郎、京堂等官兼任，或由軍機章京升任，但其權超越大學士。《清史稿》謂：“世謂大學士非兼軍機處不得為真宰相。”滿漢軍機大臣，向無定額，雍正七年（1729）初設軍機處時為三人，以後逐步增加到四五人到八九人，最多到十一人。軍機大臣的任命，按其資曆深淺，各有不同名目，或“大臣上行走”，或“辦理軍機事務”，或“軍機處行走”“軍機處學習行走”“軍機大臣上學習行走”等。按照紀曉嵐的資曆，是完全可以進入軍機處的，他之所以沒能進入，主要是受了和珅的鉗製。
紀曉嵐並不以此為意，官場上的明爭暗鬥，他見得太多了。從一開始，他的政治活力就遭到了與學術**迥然有別的不公正待遇，他不得已選擇了一條朝隱之路。他的學生趙慎畛在《榆巢雜識》中記：“官京師者，無不想躋九列，河間師雲：九列人多修到，但能修到豎著出京城，乃佳耳。何皆是橫著出去也？籲！”
紀曉嵐為官，一是清廉儉約，潔身自好，這也得益他從諸多老師那裏得到的啟迪。他曾在業師董邦達先生家見過一隻玉雕的螃蟹，雖不甚大，卻通體潔白，沒有一點瑕疵。隻看這玉蟹時，和尋常白玉沒有什麽不同；用其他的白玉一比，則其他白玉不是隱隱有青色，就是隱隱透著黃色或赭色，沒有一塊是正白的，這才顯出玉蟹的珍貴。後來紀曉嵐與董邦達先生的兒子董誥說起這隻玉蟹，董誥說：“先父在世時，偶爾缺錢用，以六百金的價錢轉賣了。”董邦達寧可賣掉心愛之古董，也不貪汙受賄。他的另一位老師劉綸，紀曉嵐稱其“以清介聞天下”。劉綸丁憂回鄉，買了幾間房，後服官二十年，未嚐益一椽半甓，退休後過的日子竟然是吃了上頓沒下頓。其子劉躍雲兄弟居官後，一樣是宦橐蕭然，“父子服官於朝七十年之久，而家無一畝之宮，半頃之地，可雲清絕人寰矣[5]。”劉躍雲歸裏時，鄉人洪亮吉有詩讚雲：“卿相兩傳久，田廬一寸無。”