沒過半個月，發生了孝淑皇後奉安陳奏失詞一案。
易縣太平峪地宮完工，孝淑皇後將在十月由靜安莊移至地宮安葬，辦事王大臣奏折內有“掩閉石門，大葬禮成”語，嘉慶皇帝看後光火，諭曰：“試思石門豈可閉，即閉不能複開，此吉地乃皇考賜朕之地，非賜皇後之地，今關閉石門，欲朕另卜吉地乎？”認為禮部官員奏折內粗心大意，措辭不經。結果，郡王綿億被革去正紅旗都統，管理上駟院事務、行圍領纛大臣職務，罰俸六年，十二年扣完。保寧、德英、劄郎阿、莫瞻菉、嶽起、關槐、宋其沅等人，或被革職留任，或降補他職。
紀曉嵐雖然也受到了處分，但與他的同僚們比起來還算是最輕的。嘉慶皇帝對他還算體恤，諭旨：“紀昀久任禮部，向來於典禮事宜尚為諳習，惟年已八旬，於各處事務不能兼顧。紀昀毋庸署理兵部尚書，並革去文淵閣直閣事、教習庶吉士，仍帶革職留任。八年無過，方準開複[2]。”於是，紀曉嵐掌兵符不到一個月，又回到了禮部尚書任上。
十月，孝淑皇後奉安禮成，為此事受到處分的一幹官員得到寬免，紀曉嵐的處分也就隨之撤銷了。
緊接著，紀曉嵐連上了兩道奏章。
第一道奏章駁山東巡撫鐵保疏請增設左邱明世襲五經博士。
鐵保根據《廣韻》引《風俗通義》為證，谘部請立山東肥城邱氏為五經博士，紀曉嵐召集禮部屬隸議奏，依據《史記》《經義考》《元和姓纂》《廣韻》等，廣為考證，指出“左邱”為複姓，且山東肥城邱氏並非出自左氏：“司馬遷稱‘左邱失明，厥有國語’，則左邱為複姓無疑。其何以單稱左氏，史無明文。朱彝尊《經義考》謂：‘孔門弟子因避師諱而然’究為臆說。至其分為左、邱二姓，惟見應劭《風俗通義》而未著其何以分。《元和姓纂》左字注內稱：臨淄有左邱明後，引晉左思等為證，是山東者姓左不姓邱；《廣韻》邱字內注稱：左邱明之後有吳興、河南二望。是其族唐以前已久徙他郡，不在山東。即以山東之邱而論，《姓纂》稱太公少子封於營邱，以邱為氏。《左傳》稱邾大夫有邱弱，其受氏皆在左邱明前，皆不能斷其無後，安見此肥城邱氏必出左邱？今請立博士之邱明善，但據其現在肥城，遂執為數千年之祖籍；但持一新刊之家譜，遂執為六十世之確證。且考其譜內可疑之處不一，所錄前代詩文，皆不見於古書，其文不合格，詩不諧律，亦如出一手。公議所係，名器所關，未便應一麵之詞，遂為創立博士。應請旨交該省巡撫、學政詳加複查，如果確有實據，再行題請。尚難斷其必是必非，則疑以傳疑，仍照乾隆十六年（1751）所定，給以奉祀生可也[3]。”