當年年底，曆時兩個多月，紀曉嵐到達福州。
關於紀曉嵐提督福建學政，野史和民間頗多傳說。一個比較普遍的傳說是：紀曉嵐到福建做學政，當地人並不知道他的才名。當時南方文士有一種偏見，認為南方山明水秀，所以有成就的文人都出南方。而北方則是荒陋之地，北方人則愚頑不化，沒有什麽才學。北方人到南方做官，往往會受到南方人的輕視。
紀曉嵐到任的第一天，他的寓所門口就被人貼了一副對聯，這副對聯隻有上聯，沒有下聯，寫的是：
我南方，多山多水多才子；
紀曉嵐一笑，立刻補寫了下聯，曰：
咱北國，一天一地一聖人。
眾人看過，讚歎不已。下聯不僅對仗工整，而且極有氣勢，山多水多，也要天覆地載。才子再多，誰不尊崇聖人？這一下人們服氣了。
福建學使的辦公地曰“筆捧樓”，當地人傳說常有山魈出沒。這座樓左右兩側各有一座高塔，上層的窗戶又被高牆遮擋得嚴嚴實實，室內很少能進光線，隻有中午才能看清室內的情況。紀曉嵐命人拆掉了牆垣，又把四麵窗戶都打開。這樣不僅室內亮亮堂堂，向外望去，遠山翠靄如在眼前。紀曉嵐題了一幅匾額“浮青閣”懸在樓前，又寫了一副楹聯：
地迥不遮千眼闊，
窗虛隻許萬峰窺。
這副楹聯意境開闊，摹景貼切，學使大人的才華漸為人所稱道。
乾隆二十八年（1763）十月，紀曉嵐奏請將帝王名諱載入《科場條例》，武英殿及各省坊刻經書，一體遵行。奏折略謂：
坊本經書，尚仍全刻廟諱、禦名本字，應仿唐石經、宋監本例，凡遇廟諱，俱刊去末一筆，並加有偏旁字者，俱缺一筆。又武英殿官韻及各經書，於禦名、本名尚係全刻，及加有偏旁字者，俱未缺筆。請將本字及加有偏旁字者，並行缺筆，載入《科場條例》，如誤書者，依不諳禁例處分。武英殿書板校正改刊，並行文各省，一體遵奉，將坊刻各經籍改刊。