纂修官讓一連串的文字獄嚇破了膽，這些日子簽出的明神宗以後的幾部書籍，越來越多的是“應全毀”“擬抽毀”或“酌毀”的處理意見。同時，查禁書一時成了《四庫全書》館的主要工作，乾隆皇帝也特別需要修書者成為禁書的“眼線”。而確定哪一部書成為禁書，往往由纂修官拿出意見，總纂審訂，然後上報總裁。作為總纂，紀曉嵐是四庫館中決定一部書棄留的關鍵人物。他絕知此事要躬行，不但盡一己之力保護很多好書免遭焚書“秦火”，使這些書得以保存於後世，而且從湮滅的故紙堆中挖掘到了很多有價值的書。
比如明末清初浙江錢塘人吳綺的《林蕙堂集》，纂修官認為其中有近於慨歎興亡之語，紀曉嵐則認為這是文人習套，並無謗訕之意，不應抽毀和削刪。清初江南昆山葉方藹《讀書齋偶存稿》中，其《南海子》詩中有“何當小住三千歲，再見桑田變滄海”句，纂修官認為違礙，紀曉嵐簽出的意見是，這兩句詩也是文人慣用的套語，不應削刪。對很多打入“應毀”之列的書，紀曉嵐大膽地簽下了“仍應擬存”“此係偶然寄托，尚無別意”的意見。
紀曉嵐深知，這麽做也許會有極大的風險，可沒來由地毀了這些書，更會讓他痛心疾首。
《四庫全書》館的記過規定，是三個月一次考核，訛抄疏漏者，一處即記一過，對記過多者，給以處分。其總裁錯至三次，分校、複校錯至兩次者，均交部察議。就連從乾隆三十八年（1773）九月起就擔任《四庫全書》總裁、一生以小心謹慎著聲朝野的蔡新，也多次被記過罰俸。
蔡新為紀曉嵐的受知師。紀曉嵐在寫給他的祝壽詩中，有“四十年來陪講席，六千裏外望師門[1]”句。紀曉嵐參加乾隆十九年（1754）殿試，蔡新時為讀卷官。