因《四庫全書總目提要》卷帙甚繁，審閱不易，紀曉嵐與陸錫熊等，又將其撮舉大要，另編就《四庫全書簡明目錄》，於乾隆四十七年（1782）六月完成。《簡明目錄》按《總目提要》次序排列目次，隻載錄書名、卷數，注某朝某人撰，並略誌數語於下，對書籍內容評價言簡意賅，十分精練。《簡明目錄》不收錄存目書籍，也省略了部類總序和小序，共二十卷，次年六月進呈，與《總目提要》同時刊行。
第一份《四庫全書》收藏在文淵閣後，乾隆皇帝時常去翻閱，並不時從其中發現一些抄寫的錯誤和違礙字句。四十七年十月二十九日，他從毛奇齡所著的《詞話》一書中發現有謬妄字句，立即諭示內閣：“四庫館進呈原任翰林院檢討毛奇齡所撰《詞話》一書，內有‘清師下浙’字樣，殊屬背謬。毛奇齡係康熙年間翰林，書內著載我朝時事，理應稱或大兵、王師等字樣，乃指稱清師抬寫，竟似身事前明、未經在本朝出仕者，謬妄已極。毛奇齡尚係有文望之人，且身故已久，朕不肯因其字句背謬，遽照從前戴名世等之案辦理。但此等書籍經纂修、校對閱過，即應按照館例簽改進呈，乃漫不經心，俱未看出，實非尋常疏忽可比。除將原書交館改正，並查明此外有無似此字樣一並簽改外，所有書內列名之總纂官紀昀、陸錫熊，總校官陸費墀、王燕緒，分校官劉源溥，俱著交部分別議處。至謄錄生不通文理，照本繕寫，著加恩免其查辦，並著行文外省各督撫細心查辦，有似此者，一體改錄。欽此[1]！”
紀曉嵐、陸錫熊等又一次被記過處分。
盡管大家時時加著小心，還是不斷有訛錯被乾隆皇帝挑出來。過了沒幾天，十一月七日，乾隆皇帝又從《通鑒綱目續編》中發現了議論詆毀的文字，頒諭內閣：“朕披閱《禦批通鑒綱目續編》內《發明》《廣義》各條，於遼、金、元三朝時事多有議論偏謬及肆行詆毀者。《通鑒》一書關係前代治亂興衰之跡，至綱目祖述麟經，筆削惟嚴，為萬世公道所在，不可稍涉偏私。”命對此書進行嚴格訂正，“其議論詆毀之處，著交諸皇子及軍機大臣量為刪潤，以符孔子《春秋》體例。仍令粘簽進呈，候朕閱定[2]。”