反省院原定由重慶市政府和巴縣縣政府會同管理，由重慶市長潘文華兼任院長。但自犯人入院後，潘文華即辭去了院長一職，劉湘改委重慶市公安局長餘司禮為院長，並將反省院改為隸屬於二十一軍特務委員會。1932年冬，劉湘又改派原二十一軍副官長、特務委員會常務負責人、重慶警備司令李根固為反省院院長。
從此反省院成為中共與二十一軍特務委員會鬥爭的一個重要戰場。
按照反省院的訓育計劃，要達到以“三民主義的教育”來“糾正謬誤思想指示正確的革命理論”，“喚醒迷誤啟發知能”的目的。囚犯們全被稱作“反省人”。然而，被囚的共產黨人們，除去幾個本已變節，但未得到敵人信任而被關進來的叛徒如湯萍生之流外，沒有誰願意“反省”。有個別因共案罪被抓進來的小青年，缺乏政治頭腦，想答應敵人的要求登個自首書爭取早日出獄，也經過難友們言明利害，打消了這樣的念頭。
按照訓育計劃，“反省人”要每天寫“反省日記”，為此，反省院當局特地給犯人們發了紙、筆、墨、硯。可是，每人每月發給的一本“十行紙”箋，大都被犯人們用來搓成紙撚兒點火吸煙，或是當作手紙用了。據易文斐先生回憶：
反動當局由於撈不到什麽，以致發生這樣荒誕的事：有某被捕者，本人毫無所知，反動當局竟一手包辦代替，背著他在報上登了退出共產黨的啟事，並發表了反共宣言，至於他本人，是不是共產黨都尚待查證。至於特務亂拉亂捕之事，也時有所聞。由於反動當局行徑之荒誕，難怪在被囚禁人員中還出現了“呈為電棒（作者注：當時對手電筒的俗稱）晃進，懇請放出事……”這樣一類的奇文了。
劉湘采取“以毒攻毒”的手段，將二十一軍特務委員會中的共產黨叛徒賀守樸調來作反省院訓育主任。