李讚“自幼倔強難化，不信學，不信道，不信仙釋。故見道人則惡，見僧則惡，見道學先生則尤惡”。這是後人對他的評語，可見他自小就有一種反傳統的大無畏精神。他“好為驚世駭俗之論，務反宋儒道學之說”（沈攢（近事叢殘）），抓住了宋明理學的鼻祖孔子不放，首開近代猛烈反孔鬥爭的序幕。
李蟄出身在一個世代經商的家庭，對新興的市民階層是有感情的，對明末的經濟變動亦有所了解，在某種意義上，他是當時新的社會成分——市民階層的代言人。因此，其曆史思想裏充滿了異端色彩，他苦心著述的曆史著作（藏書）、（續藏書），則是曆史研究與現實政治緊密結合的產物，充滿了鬥爭精神。正如他在提出“經史相為表裏”的主張時說的：
經史一物也。史而不經，則為穢史矣，何以垂戒鑒乎？經而不史，則為說白話矣，何以彰事實乎？（《焚書》卷五）
他痛恨宋明以來隻準“以孔子之是非為是非”而造成“千百餘年而獨無是非”的文化專製主義，提出了“是非無定質、無定論”的觀點：“舜惟終身知善之在人，吾惟取之而已。耕稼陶漁之人既無不可取，則千聖萬賢之善獨不可取乎？又何必專學孔子而後為正脈也？”（《焚書·答耿司寇》）在推倒了孔子這一“千古一尊”的偶像後，他對曆史大膽地提出了自己的是非觀。
與正統觀念相左，他讚揚秦始皇是“千古之帝”；在“女人是禍水”論前，他敢說武則天有“知人”之明，“政由己出，明察善斷”，“愛養人才”，乃“聰明主”……一反程朱理學複古倒退的“三代之治”論。
他把聖人還原為凡人，這頗有西方啟蒙思想。他認為聖人、凡人皆是“率性而為”，並無“高下”之分，“唐虞揖讓三杯酒，湯武征誅一局棋”，並沒什麽神秘及超凡人聖之處，他甚至說：