光緒十七年（1891），康有為徇陳千秋、梁啟超之請，在廣州—長興裏萬木草堂開始講學。講學內容主要是“中國數千年來學術源流、曆史政治沿革得失，取萬國公法比例推斷之”，“大發求仁之義，而講中外之故，救中國之法”。次年，“移講堂於廣州衛邊街鄺氏祠。十九年（1893），仍講學於衛邊街。冬，遷草堂於府學堂仰高祠，這時已有100多個學生了。
康有為在長興講學時，“著《長興學記》以為學規”，主張治學要“逆乎常緯”，反對“積習”。在“義理之學”、“考據之學”、“詞章之學”之外，增加“經世之學”，以“通變宜民”。認為孔子“因時立教”，“天下道術至眾”，而應“以孔子為折衷”。後來，還到廣西桂林講學，鼓吹孔子改製。這幾年中，他在弟子的幫助下，刊行了《新學偽經考》，並從事《孔子改製考》的編纂準備。
《新學偽經考》大旨謂：東漢以來的經學，多出劉歆偽造，“始作偽、亂聖製者，自劉歆，布行偽經、篡孔統者，成於鄭玄”，所以叫做“偽經”；劉歆“飾經佐篡，身為新臣”，是新莽一朝之學，與孔子無涉，所以叫做“新學”。“凡後世所指目為‘漢學，者，皆賈、馬、許、鄭之學，乃新學，非漢學也；即宋人所尊述之經，乃多偽經非孔子之經也”。這種“逆乎常緯”的反抗，予漢學、宋學以根本的打擊，予維護封建專製製度的傳統思想以大膽的掃**，它在學術意義上是推翻古文經學的“述而不作”，在政治意義上是打擊頑固派的“恪守祖訓”，為掃除變法維新的絆腳右準備了理論條件。
《孔子改製考》的“立例編括，選徒助纂”，始於光緒十七年，而正式出書則在光緒二十四年（1898）。他認為孔子以前的曆史，是孔子為救世改革的目的而假托的宣傳作品，都是茫昧無稽。中國曆史，從秦、漢以來才可考信。周末諸子紛紛起來創立教義，企圖憑自己的理想來建立自己認為最好的社會製度，並把自己所建立的製度托為古代曾經實施，借以爭取人們的信仰。孔子創立儒教，提出一套他自己創造的堯、舜、文、武的政教禮法，作六經以為“托古改製”的根據。經過諸子爭教，儒墨“顯學”，從戰國曆秦到漢，孔子成為全國教主。他打通了《春秋公羊傳》、《王製》、《禮運》、《論語》以及其他各經各子，尊孔子為教主，用孔教名義提出變法維新的主張，把孔子裝扮成為“托古改製”者，成為變法改製的張本。