不僅如此，慈禧還援宮中成例，犯事兒的嬪妃均交皇後嚴加管束，珍妃被幽閉於宮西二長街百子門內牢院，命太監總管專門嚴加看守，暫時與光緒隔絕，不能見麵。不過第二年，珍妃就被釋放出來，又開始在光緒身邊為他排憂解難，對他噓寒問暖。
光緒二十四年（1898年），甲午中日戰爭，中國慘敗。中國在甲午戰敗之後，民族危機日益嚴重。全國一些有識之士紛紛上奏朝廷，要求變法圖強。光緒帝也想勵精圖治，振興國家，並希冀在變法中從慈禧手中奪回實權，做一個名副其實的皇帝。光緒二十四年六月，光緒帝在康有為、梁啟超等人的輔佐下推行變法。珍妃對光緒帝的變法活動，給予了一定的支持和幫助，據太監張蘭德回憶說：“甲午年以後，光緒皇上要變法，每次召見完王公大臣，退朝後，總到珍主兒那裏商量國事，珍主兒也總幫他拿主意。”珍妃是否在光緒變法期間參與籌劃，目前還沒有更多的材料可從佐證，但是，珍妃在政見上是支持光緒帝變法維新的。她在康黨和光緒帝之間居中協調，代呈奏議，起到了旁人難以企及的作用。她自幼在廣州長大，因而對康有為這個廣東人的映像也很好。康有為沒有專折奏事之權，他的很多奏章都是珍妃代為傳遞的。而且，作為光緒所寵愛的一名妃子，珍妃在光緒變法期間在精神上和生活上給予了許多支持和幫助，對光緒的變法活動在客觀上也起了推動作用。
但是，這次變法活動遭到了以慈禧為首的頑固勢力的竭力反對，帝後兩黨的鬥爭異常激烈。後來由於袁世凱的告密，慈禧太後發動政變，幽禁光緒帝，捕殺維新黨人，變法運動遭到了頑固派的血腥鎮壓。珍妃在政變發生後，也被慈禧抓了去遭受廷杖並貶入冷宮。
這次珍妃被囚禁在景祺閣北頭一個單獨的小院裏，名東北三所。東北三所和南三所，都是明朝奶母養老的地方。奶母有了功，老了，不忍打發出去，就在這些地方住，並不荒涼。珍妃被囚禁之前，這個小院原是侍從下人居留的地方，珍妃入住後，正門被牢牢關上，打上內務府的十字封條，人進出走西邊的腰子門。這裏就是所謂的冷宮。珍妃住在北房三間最西頭的一間，屋門從外麵倒鎖著，吃飯、洗臉等均由下人從一扇活窗中端進遞出。