1937年7月7日，七七事變爆發。
中日交戰的槍聲驚碎了幾乎所有關心周口店發掘事業的科學家的美夢。洛克菲勒基金會資助的這項具有世界合作性質的考察計劃，在艱難地持續了十個年頭之後，終於降下了那曾照耀全球的帷幕。
根據中國地質調查所的建議，周口店發掘人員分批撤回北平。主持人員賈蘭坡攜化石標本率大部分科技人員先期撤往北平，發掘場地隻留幾名當地雇用的技工看守。
形勢險惡，必須盡量避免可能的麻煩，因火車不能通行，賈蘭坡一行人全部輕裝上路，沿著西山北行，整整走了兩天，天黑時分才抵達北平西直門。可這時的北平早已戒備森嚴，城門口的兩邊站滿了二十九軍的士兵，西直門也隻開一道小縫，他們被盤問了好半天，才總算被放了進去。
守衛北平城的士兵與城樓上的槍眼
幾天後的一個傍晚，楊鍾健派人來到賈蘭坡家，讓他到協和醫學院附屬醫院婁公樓新生代研究室去上班。賈蘭坡聽後很高興，第二天一早來到婁公樓，向楊鍾健和卞美年詳細匯報了周口店臨走前的安排情況，並告訴他們說：“周口店過去的重要發掘地點，全都用泥土和石頭掩蓋好了，所有已經發掘出來的化石標本，也全都做了登記。”二人聽後，認為處理得還算妥當，遂安慰賈蘭坡說：“你先在這裏上班，看看下一步局勢如何發展再決定是否返回周口店。”
北平城的中國守軍與日本人戰戰和和的傳言，隨著燥熱並伴有黴腐氣味的空氣流傳了二十餘天之後，終於水落石出。8月初，賈蘭坡一大早便出了門，剛走出不遠，就看見滿街都是帽子上戴著屁簾子的日本兵。這些耀武揚威的鬼子排著隊，挑著一塊又一塊印有武大郎燒餅圖案的褲衩狀的旗子，仰頭挺胸，走路時大皮鞋使勁跺地，以此對北平的老百姓示威。賈蘭坡這才知道，北平淪陷，日本鬼子進城了。