魏敦瑞走後，裴文中依然頑強地支撐著新生代研究室搖搖晃晃的局麵。遺憾的是，他已經遠沒有當年主持周口店發掘時那樣走運了。越來越緊張的日美關係和動**不安的國際時局，使所內不少人員陷入了極度的恐慌和不安之中，研究工作根本無法正常進行。再加上重慶方麵一直沒有關於“北京人”化石如何處置的消息，所以他心裏十分明白，在國難當頭之際，別說有所作為，隻要能安全地將“北京人”保存下來，就算是天大的幸運了。
正當日美談判雙方爭論不休之時，1941年6月22日，法西斯德國先於日本向蘇聯發動了突然襲擊，僅短短十幾天，德軍以“閃電式戰術”突破蘇聯邊界六百多公裏，並有**之勢。消息傳出，舉世震驚。日本軍閥麵對瞬間驟變的局勢，摩拳擦掌，蠢蠢欲動。在統治集團內部，迅速爆發了一場“南進”還是“北進”的爭論大戰。最終的結果是，主張“南進”的實力派獲勝。
1941年10月8日，北平《時事快報》登載的漫畫，文章的標題是：德軍兩路迫莫斯科，蘇承認由布利安斯克撤退，亞速海岸德軍作戰已完成
6月27日，翁文灝在致尹讚勳信函中，對胡頓提出的建議，做了“彼所建議標本妥存北平，弟可同意”的答複。自此，“北京人”算是徹底陷入險惡之地而難以脫身了。
此時的日本軍閥主導的內閣決定孤注一擲，在英美的南洋勢力範圍內大開殺戒了。7月24日，日軍在印度支那南部登陸，開始了掠奪戰略資源的行動。日美談判宣告暫停。
作為對日本人的回敬，7月26日，美國總統羅斯福宣布凍結日本在美的一切資產。8月1日，宣布對日全麵禁運石油。如果日本的石油得不到進口，在兩年之內庫存就會消耗殆盡，具有高強度殺傷力的武器如軍艦、飛機等將變成一堆廢鐵。日本人見此情形，殺氣驟增，海軍軍令部總長永野修身大將公開發表講話，鋒芒畢露地嚷道：“與其坐待石油日漸枯竭，倒不如先發製人。”