裴文中帶著深深的遺憾離開了這個世界，然而，人們對“北京人”的尋找並未因此中斷，新的線索與新的故事仍在這個紛繁的世界出現和上演。
1996年初的一個夜晚，日本東京某醫院，一位日本老兵氣息奄奄地躺在病榻上。這個幹癟的老頭自感將要告別人世，急召親人密友前來身邊，對後事一一做了安排。彌留之際，他示意身邊人員全部避去，隻留下專程趕來看望他的日本劇作家久三枝。
當晚，這位日本老兵與久三枝進行了單獨密談。就在這次密談中，老兵向久三枝透露了一個隱藏在心裏幾十年的重大秘密——
1941年，隨著太平洋戰爭爆發，日軍占領了中國北平，這位老兵作為日軍七三一部隊的一名上尉軍醫，奉命來到北平協和醫學院解剖室進行有關細菌的秘密研究工作。他來北平不久，日軍情報部門查獲了已落入美國駐北平海軍陸戰隊兵營中的“北京人”頭蓋骨化石，並再度押送到協和醫學院秘密保存並研究。於是，他被指定為保管、研究“北京人”的具體負責人。
1945年日本戰敗後的一天，他接到了上司讓其迅速轉移“北京人”的命令。由於事發突然，時局緊張，“北京人”已很難安全運送出境。鑒於日軍大勢已去，並麵臨行將變成戰俘的危險，焦急、恐懼而又萬般無奈的他，趁外部一片混亂之機，在一個月黑風高的夜晚，將匿藏於協和醫學院地下室的“北京人”頭蓋骨化石以及孫中山的內髒等珍貴標本，匆匆裝箱後偷運出去，並在夜幕的掩護下，將這些東西輾轉運到協和醫學院東約兩公裏的一個有很多古樹的地方，挖坑埋藏了。把這些化石、標本埋藏完畢後，他還特意拿軍用砍刀在距埋藏地點不遠處的一棵粗壯的鬆樹上，砍掉了一塊長約一米、寬約二十厘米的樹皮做標記，以便來日辨認。