隋王朝的短命，主要是毀在弑父即位的楊廣手裏，這已成為史學界公認的事實。由於隋煬帝楊廣的昏庸殘暴，恣意妄為，致使天下大亂，豪傑並起，揭開了叛隋倒隋的序幕。
隋大業十三年（617年），歲逢災凶，赤地千裏，餓殍遍野，而隋煬帝楊廣還在率領群臣尋歡作樂，各地反隋熱潮空前高漲。在各地反隋義軍蜂起的形勢下，太原留守李淵聽從了兒子李世民的勸告，在太原起兵反隋，並於這年的冬天十一月攻入長安，立代王楊侑為皇帝，改元義寧，自封為“大都督內外諸軍事，大丞相，進封唐王”。他實際上成了這個短命小朝廷的真正主人。
也就在這一年，隴西災民因無以為生，紛紛揭竿而起。仍受隋王朝控製的金城府令郝瑗拜薛舉為大將軍，率兵抄拿義軍。薛舉見天下大亂，隋亡在即，正是自己稱王稱霸的好時機，受令後立即倒戈，乘機囚禁了郝瑗，並宣布叛隋而反。之後，他率兵進隴西，消滅了義軍，占據了隴西廣大地區，暗稱帝號於金城蘭州。隨後又自稱西秦霸王，年號秦興，遷都天水。並以其子薛仁杲為大將軍，統兵向關中地區進擊，很快以三十萬大軍占據關西。
義寧二年（618年）春，身為“大丞相”的李淵率部來到扶風一帶視察民情，也為討伐薛舉父子做準備。就是這次扶風之行，他來到了法門寺。
這時的法門寺由於戰亂而呈荒廢狀，香火幾乎斷絕。該寺老僧普賢法師見這位握有實權的“大丞相”到來，連忙奏表，希望朝廷能撥款維持寺院的一切法事和民事活動。
那時的法門寺已改稱成實寺，李淵接了奏表後，沒有呈傀儡小皇帝閱，獨自決定將成實寺又改為法門寺。關於法門寺的名字在這之前幾經變遷，隻是從李淵開始才正式定名法門寺。雖然後來也曾有過變化，但就這座寺院而言，還是法門寺的名字最為響亮，也最為廣泛流傳。