宋、金之後，隨之崛起的元朝，采取了排佛而推崇喇嘛教的政策，致使漢地佛教進一步走向衰落，法門寺自然也是“每況愈下”。在這股佛教衰頹的大趨勢中，朱明王朝終於取元而代之。
由於明太祖朱元璋出身釋門，對佛教懷有殊異的感情，便力圖重振漢魏以來發展延續的傳統佛教。在明代曆史中，自洪武朝至武宗朱厚照各帝，護持佛教的政策基本保持未變，而佛教的各宗派中以禪宗最為盛行，其中臨濟、曹洞居先。淨土宗則成為各宗派共同的信仰。此外之華嚴宗、天台宗，乃至慈恩宗[1]、律宗也有相當的影響或者繼興於微絕。其間自明宣宗之後，各宗複呈衰勢，至世宗朝，因皇帝本人學道而排佛，京師寺院大部被毀，佛教衰勢進一步加速。至神宗萬曆年間，佛教稍有回升的氣象，除出現一些弘法高僧之外，明代刻印五藏（除藏文《目稱》外）之一的《嘉興藏》[2]，就完成於這個時期。
明代的整個佛教政策，無疑要影響到法門寺的興衰沉浮。從寺宇的修葺方麵看，宋、金兩代均無土木之工，元代更遭冷落，幾乎沒有留下一絲痕跡。從可查的資料來看，明代隆慶年間（1567~1572年），法門寺真身寶塔（四級木塔）崩毀，後來得以重建，始成現在看到的寶塔模樣。明弘治十八年（1505年），有邑人張傑主持重修寺內大乘殿，並於正德二年（1507年）再次重修，其重修詳情或因碑佚或因記載不詳今已無法得知。據現代研究專家陳景富推斷，分別發生於弘治和正德年間的兩次重修實為一次，其理由是所謂的兩次重修之間隻有一年之隔，從修一殿便樹碑記其事這一點來看，工程經年未必完工，可能的情況倒是：張傑重修是就工始之年記其事，正德二年重修是就工畢樹碑之日而言。這樣，自宋立國至明隆慶六百年的曆史中，一方麵由於佛教的衰勢難遏，另一方麵由於年久失修，不可避免地要導致法門寺寺域的日益縮小、寺僧的日益減少和經濟上的日益困難。因此，最樂觀的估計，這時的法門寺繼失去了“國寺”的地位之後，至多也隻是與府、州所留的寺院相當。盡管如此，法門寺昔日輝煌的餘暉，仍未從這裏完全消失，發生於明正德四年（1509年）武宗之母張太後前來拜佛降香的故事，即可證實這個推斷。張太後前來法門寺降香的故事，又因為其本人和隨行的劉瑾智斷玉鐲奇案，而廣為民間百姓所知並編寫了戲曲《法門寺》等流傳下來。毛澤東曾在1956年中共中央擴大會議上說：“有些人做奴隸做久了，感覺事事不如人……像《法門寺》裏的賈桂一樣，人家讓他坐，他說站慣了，不想坐。”戲曲《法門寺》及戲中的賈桂又一時名噪天下，眾人皆知。